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Master 2 "Microbiologie, Environnement, Santé"
UPMC - MNHN

Biodiversité et écologie fonctionnelle des microorganismes (MNHN Paris)

Cette unité d’enseignement d'analyse scientifique a pour objectifs de présenter une vision globale des microorganismes sur les plans taxinomique, structural et écologique : archées, bactéries, cyanobactéries et grands phyla eucaryotes (e.g. protistes, champignons). Les cours porteront sur la diversité moléculaire et fonctionnelle de ces microorganismes ainsi que sur leurs rôles dans le fonctionnement des écosystèmes et les cycles bio-géochimiques à différentes échelles. Cette UE sera évaluée au travers de la préparation et de la présentation d’une étude bibliographique à partir d’un thème proposé par l’équipe pédagogique et réalisée avec le soutien d’un tuteur.

Cours et séminaires (48h)

- Introduction générale à la biodiversité des microorganismes (Procaryotes et Eucaryotes) – relations phylogénétiques et révision(s) de la taxinomie (A. Carré, I. Florent)

- Biodiversité des Archées et branches les plus anciennes des Procaryotes (A. Carré)

- Biodiversité des Eubactéries (protéobactéries, Actinobactéries, Firmicutes, etc) (A. Carré)

- Biodiversité des Cyanobactéries, eucaryotes unicellulaires photosynthétiques (cours couplé à TP d’observation) (K. Comte, C. Bernard)

- Champignons microscopiques (cours couplé à TP d’observation) (J. Dupont)

- Biodiversité des Protistes (cours couplé à TP d’observation) (P. Grellier, M. Dellinger)

- Place des microorganismes dans les différents Ecosystèmes : rappel sur les notions d’écologie microbienne (compétition, mutualismes..) ; recyclage de la matière (C et N principalement) et bases génétiques (anammox / nitrification / dénitrification / fixation) (J. Leloup)

- Boucles microbiennes dans les milieux aquatiques (eaux douces et marines) et terrestres (J. Leloup)

- Impact des perturbations anthropiques sur ces groupes microbiens (J. Leloup)

- Changements globaux/facteurs abiotiques (T°, CO2, nutriments, …) (A. Catherine)

- Exemples de symbioses : végétaux / bactéries - endophytes ; métazoaires / bactéries – protozoaires (J. Leloup ; I. Florent)

- Exemples de parasitisme : végétaux / champignons – oomycètes ; métazoaires / protistes pathogènes (I. Florent)

- Inhibition biologique des plantes de la nitrification (JC Lata)

- Ecologie microbienne des zones hydrothermales (S. Dupeyron)

- Ecologie microbienne du tube digestif (bactéries, probiotiques, protistes) (J. Leloup)

 TP (12h)

- Observations (microscopiques) de la biodiversité des microorganismes (P. Grellier, M. Dellinger, I. Florent, J. Dupont, K. Comte, C. Bernard)

- Mise en perspective des méthodes d’identification selon les groupes de microorganismes (enseignants MNHN)

Jean-Luc Aucouturier - 03/03/16