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Master 2 "Microbiologie, Environnement, Santé"
UPMC - MNHN

Caractérisation, rôle et valorisation des microorganismes (MNHN Paris)

Cette unité d’enseignement de spécialisation s’articule autour d’un volet « molécules microbiennes et applications » portant sur la diversité des métabolites secondaires d’origine microbienne (antibiotiques, peptides antimicrobiens, toxines) et sur le criblage et la valorisation de ces composés, et un volet « méthodes d’étude » dédié aux techniques d’isolement et de caractérisation structurale (méthodes chromatographiques, spectrométrie de masse résonance magnétique nucléaire). Les étudiants seront sensibilisés aux nombreuses voies de valorisation des molécules microbiennes (antibiotiques, thérapie anticancéreuse, biopesticides, …) avec des intervenants du monde industriel.

Cours et Séminaires (47h)

1. Molécules microbiennes et applications

- Voies de biosynthèse des métabolites secondaires microbiens : NRPS et PKS (B. Nay)

- Ecologie chimique autours des substances naturelles (S. Prado)
- Molécules de communication des bactéries (C. Hubas)
- Toxines bactériennes (C. Bernard, D. Gillet)
- Antibiotiques et peptides antimicrobiens (S. Zirah)
- Peptides antimicrobiens d’origine bactérienne (S. Rebuffat)
- Les substances naturelles comme sources d’inspiration dans la conception de médicaments (B. Nay)
- Principes généraux de pharmacologie (S. Prado)
- Substances naturelles dans l’industrie pharmaceutique (B. David)
- Les substances naturelles dans la thérapie anticancéreuse (F.H. Porée)
- Métabolisme microbien des médicaments (D. Buisson)
- Biopolymères microbiens de séquestration des métaux (S. Zirah)
- Biopesticides d’origine microbienne (S. Prado)
- Biominéralisation microbienne (I. Domart-Coulon)
- Les médicaments de la mer (M.L. Bourguet-Kondracki)
- La Chimiothèque Nationale (S. Rault)
 
2. Méthodes d’étude
- Démarche méthodologique pour l’isolement de substances naturelles à visée thérapeutique, évaluation biologique et valorisation des substances naturelles (S. Prado)
- Méthodes de réveil des gènes cryptiques pour la découverte de métabolites secondaires (J.L. Pernodet/S. Lautru, Orsay)
- RMN des petites molécules : introduction à la détermination structurale (S. Prado)
- RMN des peptides et des protéines en solution : attribution séquentielle, paramètres conformationnels et détermination des structures tridimensionnelles (S. Zirah)
- Spectroscopie de masse et applications aux biomolécules (C. Afonso)
- Interaction protéine-protéine par RMN (E. Guittet)
- RMN des interactions protéines/acides nucléiques et criblage par RMN (C. Tisné)
- Métabolomique (S. Zirah)
- Introduction à la cristallographie (C. Mayer)

TD (10h)

- RMN des petites molécules (S. Prado)
- RMN des peptides (S. Zirah)
- Spectrométrie de masse (S. Zirah)
- Découverte des substances naturelles (B. Bodo)

TP (3h)

- Visite des plateformes de RMN et de spectrométrie de masse (S. Zirah, A. Blond)

Jean-Luc Aucouturier - 03/03/16