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Master 2 "Microbiologie, Environnement, Santé"
UPMC - MNHN

Qualité des milieux aquatiques et risques microbiologiques (UPMC Banyuls)

Les milieux aquatiques sont soumis à la pression croissante des pollutions (microbiologiques, et organiques) générés par les activités anthropiques. Ces pollutions peuvent avoir des conséquences lourdes sur la qualité écologique du système (eutrophisation), l’économie touristique (insalubrité, nuisances), les productions aquacoles (mortalités, interdiction de ventes), et sur la santé humaine (présence de microorganismes pathogènes ou prolifération d’algues toxiques). Cette unité d'enseignement aborde les thématiques de l’eutrophisation, la biodépollution et l’écotoxicologie microbienne, ainsi que la nature et l’identification des microorganismes pathogènes, opportunistes ou toxiques dans les milieux aquatiques. Les enseignements se feront en grande partie sous la forme d’ateliers pratiques consacrés notamment aux techniques d’étude de la dégradation de polluants, à la détection de microorganismes d’intérêt sanitaire par des méthodes innovantes, ainsi que quelques tests écotoxicologiques utilisant des microorganismes.

Cours (30h)

1. Eutrophisation, biodépollution microbienne  (8h)
- Eutrophisation en milieu côtier et lagunaire (F. Lantoine)
- Dégradation de la matière organique dans les milieux aquatiques (F. Joux)
- Introduction aux polluants chimiques dans les milieux aquatiques (L. Méjanelle)
- Ecotoxicologie microbienne dans les milieux aquatiques (F. Joux)
- Biodégradation des micropolluants organiques (F. Joux)
- Bioremédiation des métaux lourds : exemple de l'arsenic (R. Lami)

 
2. Microorganismes pathogènes, opportunistes ou toxiques dans les milieux aquatiques (15h)
- Réglementation européenne sur la qualité des eaux de baignade et des produits conchylicoles (J. Baudart)
- Survie des bactéries d’intérêt sanitaire dans l’environnement (J. Baudart)
- Méthodes alternatives de détection des germes d’intérêt sanitaire (J. Baudart)
- Microbial/Fecal source tracking (J. Baudart)
- Pathologies microbiennes liées aux vibrios en aquaculture (F. Joux)
- Virus pathogènes dans les milieux hydriques (V. Maréchal)
- Cyanobactéries toxiques d’eau douce (C. Bernard)
- Espèces phytoplanctoniques marines toxiques (F. Lantoine)
 

3. Ecotoxicologie microbienne (6h)

- Ecotoxicologie microbienne dans les milieux aquatiques (F. Joux)

- Biocapteurs microbiens pour la détection des métaux dans l'environnement (M-J. Durand)

- Utilisation de biocapteurs microbiens en écotoxicologie (S. Sanchez)

TP / TD, visites de laboratoires/entreprises (44h)

TP1 : Biodégradation d’un polluant organique dans différents milieux aquatiques (F. Joux, S. Blain)
TP2 : Recherche des indicateurs contamination fécale et des vibrios dans l’eau et les coquillages (culture, FISH) (J. Baudart)
TP3 : Tests écotoxicologiques sur microorganismes (Microtox, inhibition croissance microalgues, biocapteur luminescent) (F. Joux, S. Sanchez-Ferandin)
- visite du Laboratoire de Biotechnologies de l’Environnement de l’INRA (Narbonne) qui accueille en son sein différentes start-up liées au domaine de la microbiologie environnementale.

Jean-Luc Aucouturier - 03/03/16