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Master 2 "Microbiologie, Environnement, Santé"
UPMC - MNHN

UEs d'ouvertures

Nous conseillons aux étudiants de choisir leurs UEs d’ouverture dans la liste suivante :

- Physiologie intégrative des microorganismes (6 ECTS) 5V691

Objectifs : L’étude de la physiologie de modèles de microorganismes procaryotes et eucaryotes peut répondre à différents objectifs : biotechnologique, écologique, écotoxicologique, médicale … Afin d’aborder la physiologie de ces microorganismes de manière intégrative, de nombreux outils de la génomique fonctionnelle sont aujourd’hui disponibles. Après avoir exposé les différents intérêts d’étudier des modèles microbiens, nous présenterons les techniques de transformation, inactivation de gènes, suivi de l’expression de gènes en continu ainsi que les approches transcriptomiques et protéomiques. En deuxième partie de cette UE, nous aborderons les mécanismes de la communication cellulaire et les voies de signalisation chez les microorganismes qui sont au cœur de nombreuses problématiques de recherche en biologie cellulaire et dans les sciences de l'environnement et possèdent de nombreux prolongements biotechnologiques : régulation des fonctions physiologiques, régulation des populations de microorganismes eucaryotes et procaryotes dans l'environnement et dans les biofilms. 

Enseignement : CM 20 h ; TD 10h ; TP 30 h

Validation : Examen écrit, épreuve orale, compte-rendu de TP.

Lieu, durée : Observatoire Océanologique de Banyuls (UPMC), 2 semaines

Responsables : R. LAMI (lami@obs-banyuls.fr (lami @ obs-banyuls.fr)) / Fabien JOUX (joux @ obs-banyuls.fr)

Fiche UE à télécharger

- Fonctionnement des écosystèmes terrestres : Biodiversité, Fonctionnement et apport des nouvelles technologies de séquençage à haut débit « Terra-Biome » (6 ECTS) 5V690

Objectifs : Cette UE aborde dans une première partie le fonctionnement des écosystèmes terrestres au sein desquels les microorganismes jouent un rôle essentiel en assurant une part importante de la production de matière organique et du recyclage des éléments.  Elle permet aussi d’acquérir de solides connaissances sur la biodiversité microbienne dans les sols, le rôle fonctionnel de ces communautés dans le recyclage des nutriments et dans le fonctionnement de l’écosystème, et les interactions fortes entre les différents compartiments des écosystèmes terrestres (plantes, champignons, structure du sol et impacts des changements globaux). Elle permet d’acquérir également les méthodologies adéquates à l’étude des communautés microbiennes du sol (Ecologie, Biologie moléculaire, Enzymologie, Ecotoxicologie, et valorisation des microorganismes pour la bio-remédiation). De plus, la deuxième partie essentiellement pratique et dédiée à une analyse plus approfondie des communautés microbiennes (microbiome) dans les sols. A partir de jeux de données de séquençage haut débite (NGS) acquis lors de différents travaux scientifiques, les étudiants se familiariseront avec les outils de bio-informatique (récupération de données, "parsing", alignement, comparaison de séquences, analyse de communautés) et de statistiques simples adaptées aux données NGS.

Cet enseignement est organisé avec la participation de nombreux chercheurs spécialistes de l’écologie des sols et de la bioinformatique

Enseignement : CM 30 h ; TD 30 h     

Validation : Examen oral 

Lieu, durée : Jussieu (UPMC), 2 semaines

Responsables : Julie LELOUP, MCU UPMC (julie.leloup@upmc.fr (ulie.leloup @ upmc.fr)) / Marcelino SUZUKI (marcelino.suzuki @ obs-banyuls.fr  

Fiche UE à télécharger

- Risques microbiologiques naturels ou provoqués (6 ECTS) 5V668

Objectifs : Le risque microbiologique concerne tous les secteurs de l’activité humaine. Sa maîtrise passe par la connaissance du pouvoir pathogène des principaux agents responsables de maladie, des voies de transmission (chaines épidémiologiques), des moyens d’analyse et de recherche, et enfin par la connaissance des instances qui gèrent, à l’échelle nationale et internationale, les questions en relation avec le risque infectieux. Cette unité d'enseignement est ouverte aux étudiants qui désirent exercer une activité de recherche, de développement ou d’analyse des maladies transmissibles.        

Enseignement : CM 30 h ; TD/conférences 30 h       

Validation : Examen écrit (synthèse scientifique/résumé de conférences). 

Lieu, durée : Jussieu (UPMC), 2 semaines

Responsable : Vincent MARECHAL (vincent.marechal @ upmc.fr)

Fiche UE à télécharger

- Comment valoriser la recherche et s'intégrer au sein des industries de santé (6 ECTS) 5V067

Objectifs : Cette UE a pour but de faire connaître l'environnement social, économique et réglementaire biomédical afin de favoriser la valorisation des recherches et les partenariats recherche-industrie, la création d’entreprise innovante, l'insertion des étudiants parmi les industries de santé, et de mieux faire connaître les carrières offertes par les industries de santé. Les partenariats Recherche entreprise doivent se professionnaliser. A l'heure des concentrations de l'industrie pharmaceutique et biomédicale, souvent, les innovateurs connaissent mal les procédures pour valoriser et protéger leurs innovations par des brevets et ont des difficultés à trouver un industriel susceptible de développer leurs inventions.         

Enseignement : CM (conférences) 45h            

Validation : Résumé de deux conférences.

Lieu, durée : Jussieu (UPMC), 2 semaines

Responsable : Alain SEZEUR (asezeur @ hopital-dcss.org)  

Fiche UE à télécharger   

- Ecotoxicologie (6 ECTS)

Objectifs : Le cours présente la diversité de toxines naturelles produites par les organismes procaryotes et eucaryotes ainsi que les contaminants liés aux activités humaines. Les effets à différentes échelles du vivant seront abordés (molécules, cellules, organismes, populations, écosystèmes). Un volet portera sur l’évaluation et l’analyse des risques, les réglementations en cours et les modèles de biosurveillance avec des interventions de partenaires socio-économiques ou d’agences d’évaluation des risques (Agences de l’eau, INERIS, AFSSA, AFSSAPS, ADEME, …).            

Enseignement :  CM  40 h ; TD  10 h             

Validation : Ecrit écrit, épreuve orale.  

Lieu, durée : MNHN Paris, 2 semaines

Responsable : Cécile BERNARD (cbernard @ mnhn.fr), Katia COMTE (kcomte @ mnhn.fr), Laurent COEN (coen @ mnhn.fr)

- Valorisation des techniques du vivant (3 ECTS)

Objectifs : Cette formation aborde différentes facettes de la valorisation des travaux de recherche et des technologies du Vivant. Les objectifs sont de présenter les différentes formes de valorisation des travaux de recherche et les moyens disponibles pour les mettre en œuvre (propriété intellectuelle, dépôts de brevets, transfert de technologie, création de start-up,…). Des intervenants du monde économique viennent partager leurs expériences et font découvrir aux étudiants le monde de l’entreprise lié aux technologies du Vivant.                 

Enseignement : CM 30h         

Validation : Travail personnel.

Lieu, durée : MNHN Paris, 1 semaine

Responsable : Hélène SALIN (salin @ mnhn.fr)        

- Transfert de gènes in vivo (3 ECTS)

Objectifs : L'objectif de cet atelier est de permettre aux étudiants de réaliser/interpréter des expériences de transfert de gènes somatiques dans un contexte intégré (celui de l'organisme) et évolutif (comparaison xénope/souris). Seront étudiées : les régulations transcriptionnelles induites par les hormones thyroïdiennes dans deux organismes modèles (le xénope et la souris) ; la fonction des hormones thyroïdiennes et de leurs récepteurs, à l'aide de gènes rapporteurs quantifiables (luciférase), placés en aval de régions régulatrices "répondant" aux hormones thyroïdiennes.          

Enseignement :  TP 30h      

Validation : Epreuve orale, examen écrit.

Lieu, durée : MNHN Paris, 1 semaine

Responsable : Laurent COEN (coen @ mnhn.fr)   

- Isolement et analyse structurale de biomolécules (3 ECTS)

Objectifs : Cet atelier a pour objectif d’apprendre à isoler des molécules d’intérêt biologique (petites molécules, peptides et protéines) par des méthodes chromatographiques, et à caractériser leur structure par spectrométrie de masse et résonance magnétique nucléaire (RMN). Cet atelier est avant tout pratique avec des démonstrations sur instruments, des séances d’analyses de spectres et un TP de modélisation moléculaire sous contraintes RMN. A l’issue de la formation, les participants présentent à l’oral par binôme l’élucidation structurale d’un métabolite secondaire ou d’un peptide à partir de données spectroscopiques.       

Enseignement : CM  3h ; TD  12h ; TP/démo 15h        

Validation : Epreuve orale.

Lieu, durée : MNHN Paris, 1 semaine

Responsable : Séverine ZIRAH (szirah @ mnhn.fr), Soizic PRADO (sprado @ mnhn.fr)

- Analyses vidéomicroscopie, microscopie confocale et imagerie numérique (3 ECTS)

Objectifs : Cet atelier a pour objectif de donner des bases de microscopie de fluorescence et des notions d'imagerie numérique. Il s’appuie sur une approche pratique des outils et méthodes permettant la visualisation des structures et compartiments cellulaires par microscopie de fluorescence. Il sera montré à partir d'exemples, l'ensemble de la chaîne d'acquisition (images en 2D et 3D), de traitement et d'analyse d'images qui va de la préparation d'échantillons biologiques jusqu'au processus d'analyse (logiciels libres sous Linux, déconvolution).   

Enseignement : CM  8h ; TP  22h        

Validation : Epreuve orale, examen écrit.

Lieu, durée : MNHN Paris, 1 semaine

Responsable : Marc GEZE (geze @ mnhn.fr)

06/07/16

Traductions :