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Master 2 "Microbiologie, Environnement, Santé"
UPMC - MNHN

Propositions de stages Master2 MES 2016-2017

Titre

Laboratoire

Responsable

Lien

Les bactéries phytopathogènes en environnement non-hôte : un réservoir pour l’émergence de nouvelles maladies ?

STAGE POURVU

Institut d'Ecologie et des Sciences de l'Environnement - IEES Paris

Marie-Anne BARNY

1

Synthèse et caractérisation de supports à base d’anticorps pour l’extraction sélective de cyanotoxines, les microcystines (MCs), sous formes libres et liées d’échantillons biologiques complexes

MNHN UMR7245-CNRS, Paris

 Katia COMTE

2

Identification des traits du pathogène Agrobacterium tumefaciens impliqués dans la colonisation de plantes hôtes et non-hôtes par une approche à haut débit

Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Gif-sur-Yvette

 Denis FAURE

3

Identification de marqueurs moléculaires expliquant l’adaptation de souches de Listeria monocytogenes aux ateliers de transformation de viandes de porc

ANSES, Laboratoire de Sécurité des Aliments de Maisons-Alfort, Unité SEL, équipe Listeria

 Benjamin FELIX

4

Bactéries anaérobies commensales et cellules humaines intestinales : modèles de symbiose in vitro (BACCHUS)

 ANSES de Fougères

Valérie FESSARD

5

Quel danger pour l’homme face aux efflorescences d’Ostreopsis ovata : utilisation de modèles cellulaires complexes pour étudier la toxicité intestinale et pulmonaire

 ANSES de Fougères, société Epithélix

Valérie FESSARD,

Samuel CONSTANT

6

Détection de la levure d’altération Brettanomyces bruxellensis, état VNC en conditions vin et résistance au SO2

Laboratoire VAlMiS (Vin Aliments Microorganismes Stress), Dijon

Hervé ALEXANDRE, Sandrine ROUSSEAUX

7

Culturomics using microfluidics

UMR GenPhySE (INRA Toulouse)

 Olivier ZEMB

8

 Validation de nettoyage industriel

Sensient Cosmetic Technologies (Saint Ouen)

Jeremy LANCELEVEE

9

Stratégie de survie de Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis au sein
des amibes libres

Laboratoire Ecologie et Biologie des Interactions
Equipe de Microbiologie de l’Eau
Université de Poitiers - UMR CNRS 7267

Yann HECHARD,

Ascel SAMBA

10

Etude du verdissement des toits 

STAGE POURVU

Laboratoire de Biodiversité et Biotechnologies Microbiennes, Banyuls

Raphaël LAMI

11

Mécanismes moléculaires impliqués dans la biominéralisation intracellulaire de carbonates de calcium par des cyanobactéries

STAGE POURVU

Institut de Minéralogie, Physique des Matériaux et Cosmochimie (IMPMC), CNRS, MNHN et UPMC. Equipe Géobiologie, Paris

Karim BENZERARA,

Corinne CASSIER-CHAUVAT

12

Dynamique temporelle de la diversité microbienne dans un édifice hydrothermal actif

Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes, UMR6197

Ifremer, Centre de Brest, CS10070. 29280 Plouzané

Anne GODFROY

(à contacter par email ou par téléphone entre le 1 et le 22 août. ensuite en campagne océanographique jusqu'au 15 sept.)

13

Etude des interactions diatomées/virus d’un système benthique de vasière intertidale.

« Mer, Molécule, Santé », EA 2160, Nantes

LIENSs UMR 7266, La Rochelle

Véronique MARTIN-JEZEQUEL

Hélène MONTANIE

14

Biosphère de subsurface : Etude du potentiel physiologique et adaptatif de représentants cultivés de sédiments profonds

STAGE POURVU

 Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes UMR 6197, Institut universitaire Européen de la Mer, Plouzané

 Karine ALAIN

15
Effets de la lumière et de la température sur la croissance des espèces dominantes du
bloom phytoplanctonique printanier en baie de Banyuls

Laboratoire d'Océanographie Microbienne, UMR7621 CNRS-UPMC. Observatoire Océanologique de Banyuls

 François-Yves BOUGET

16

Ecophysiologie des diatomées toxiques du genre Pseudo-nitzschia

UMR BOREA (Biologie des ORganismes et Ecosystèmes Aquatiques), Université de Caen Normandie

 Juliette FAUCHOT

17

Caractérisation de molécules actives sur bactéries

SANOFI. Unité Thérapeutique Maladie Infectieuse de Sanofi Aventis Recherche et Développement, Site de Marcy L’Etoile (69)

Marine THOMAS (service RH)

18

Comportements sociaux au sein des biofilms oléolytiques

Laboratoire EEM-IPREM. Université de Pau et des Pays de l’Adour (UPPA)

 Régis GRIMAUD, Laurent URIOS

19

Homéostasie du cuivre chez Rubrivivax gelatinosus : caractérisation biochimique ety fonctionnelle d'une nouvelle protéine (CopI)

STAGE POURVU

 I2BC –UMR 9198, Gif sur Yvette

 Anne DURAND

20

Etude des effets toxicologiques chez le poisson médaka d’extraits de cyanobactéries d’eau
douce et recherche de molécules à potentielle activité de type perturbateur endocrinen

STAGE POURVU

UMR 7245 MNHN/CNRS « Molécules de communication et adaptations des
micro-organismes » - équipe « Cyanobactéries, cyanotoxines et environnement », MNHN Paris

 Benjamin MARIE

21

Impact de la biodiversité en micro-organismes, dans la réponse des communautés
microbiennes du sol à l'hydrogène (H2)

STAGE POURVU

Centre INRS–Institut Armand-Frappier, Laval, Québec, Canada

 Philippe CONSTANT

22

Rôle des éléments transposables dans le transfert horizontal de gènes dans le
phytoplancton eucaryote

STAGE POURVU

BIOM (Integrative Biology of Marine Organisms) Laboratory. UMR7232 CNRS.
Observatoire Océanologique de Banyuls

 Gwenael PIGANEAU

23

What are the functional roles of outlier chromosomes in the Mamiellophyceae?

STAGE POURVU

BIOM (Integrative Biology of Marine Organisms) Laboratory. UMR7232 CNRS.
Observatoire Océanologique de Banyuls

 Nigel GRIMSLEY

24

Exploration de la diversité génétique par la technique MLST de souches de C. perfringens impliquées dans des toxi-infections alimentaires collectives en France

 Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation,
de l’environnement et du travail (Anses). Laboratoire de Sécurité des Aliments
14 rue Pierre et Marie Curie
94701 Maisons-Alfort

 Olivier FIRMESSE

25

Hard Rock et Heavy Metal : Intéractions Métaux /Procaryotes en Fossilisation et Bioremédiation

Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN)
UMR 7245 CNRS / MNHN, Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM)

 Adrienne KISH

26

Consortia microbiens lignocellulolytiques :
Impact du prétraitement par extrusion-réactive sur la dégradation de la lignocellulose et la diversité fonctionnelle des consortia

Laboratoire d’Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés
LISBP – INSA Toulouse
135 avenue de Rangueil
31077 TOULOUSE

Guillermina HERNANDEZ-RAQUET

27

Effets de mélanges d’antibiotiques et d’éléments traces métalliques sur la nitrification, dans des
sols agricoles : approche expérimentale et modélisation

INRA ECOSYS

Centre INRA de Versailles, RD-10 , 78026 Versailles

 Olivier CROUZET,

Isabelle LAMY

28

Diversité des microorganismes photosynthétiques du lac Dziani (Mayotte) par métagénomique

- UMR 7245 CNRS-MNHN Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes, Paris

- UMR 9190 CNRS – UM2 - IRD - IFREMER, Marine Biodiversity Exploitation and Conservation, Université de Montpellier

- CNRS – Université de la Rochelle UMR 7266 LIENSs
Institut du Littoral et de l’Environnement

Cécile BERNARD,

Marc TROUSSELLIER, Hélène AGOGUE

29

Transcriptional regulation of the alginolytic system in the marine bacteria Zobellia galactanivorans

Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins (LBI2M) CNRS / UPMC, Station biologique de Roscoff

François THOMAS,

Benoit SARELS

30

Recherche, caractérisation et production de P(3HB-co-4HB) à partir de bactéries
marines.

Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes, LM2E UMR6197, Ifremer
Centre de Bretagne, BP70 29280 PLOUZANE France

 Christelle SIMON-COLIN

31

Rôle de la température dans la diversification écotypique des cyanobactéries marines du
genre Synechococcus

Equipe Procaryotes Phototrophes Marins (MaPP), UMR UPMC-CNRS 7144,
Station Biologique de Roscoff,

 Laurence GARCZAREC

32

Adaptation de l’Indice Phytoplancton Lacustre (IPLAC) compatible avec la Directive Cadre sur l’Eau Européenne, aux milieux Africains tropicaux et subtropicaux

STAGE POURVU

 MNHN, Département Régulation, Développement et Dversité Moléculaire, UMR CNRS 7245, Paris

Catherine QUIBLIER

33

Studies to Develop a Multiplex Genome Editing Method for Efficient Cell Engineering in the Filamentous Fungus Aspergillus oryzae

STAGE POURVU

Laboratory of Brewing Microbiology, Department of Biotechnology, The University
of Tokyo, 1-1-1 Yayoi, Bunkyo-ku, Tokyo, 113-8657, Japan

 Jun-ichi MARUYAMA

34

Etude du système CRISPR/Cas9 comme moyen de lutte antimicrobienne

STAGE POURVU

 Synthetic Biology Group, Institut Pasteur, Paris

 David BIKARD

35

 

Analyse du sécrétome et du bactériome olfactif de brebis en
fonction de la perception des odeurs du mâle

STAGE POURVU

Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF) – UMR 8576
CNRS/Université Lille1/USC INRA 1409

Patricia NAGNAN-LE MEILLOUR

36

Dynamiques temporelles des bactéries marines méthylotrophes

Laboratoire d’océanographie microbienne (LOMIC), Observatoire Océanologique de Banyuls s/mer, Sorbonne Universités, UPMC, France

Ingrid OBERNOSTERER

Julie DINASQUET

37

Etude des interactions et des flux d’éléments intervenant au sein d’un réseau trophique
microbien modèle et validation de ce réseau pour l’utilisation dans des tests d’écotoxicologie» 

 LIEC - Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux
CNRS UMR 7360 – Université de Lorraine – Campus Bridoux
8, rue du Général Delestraint – 57070 Metz

Pascale BAUDA,

Christophe PAGNOUT,,

Anne VICENTE

38

Etude de la diversité des levures isolées de fromages bleus et de leur interaction avec Penicilium
roqueforti

STAGE POURVU

Mycologie – ISYEB UMR7205. 12 rue Buffon, 75005 Paris

Manuela LOPEZ VILLAVICENCIO

39

Etude des efflorescences algales des lagons polynésiens en
mésocosme et par meta-barcoding

Interactions Hôtes Pathogènes Environnement IHPE, Université de Perpignan

 VIDAL-DUPIOL Jérémie

40

Dévoloppement d'un outils de classification permettant de prédire le devenir et les effets écotoxicologiques de composés pharmaceutiques

INRA, AgroParisTech, UMR 1402 ECOSYS 78850 Thiverval-Grignon

INRA - UR 050 LBE 11100 Narbonne

Pierre BENOIT, Laure MAMY, Dominique PATUREAU

41

Influence des pesticides sur la présence de microcystines sous forme particulaire (Microcystis aeruginosa) et dissoute (milieu de culture) en conditions contrôlées

 ANSES, Maisons-Alfort

 

Julien PARINET, Ronel BIRE

 

42

Production de souches microbiennes pour des solutions de biocontrôle : définition des paramètres de culture, optimisation en fermenteurs et production de lots pilotes

BIOVITIS, Laboratoire R&D de Biovitis, Le Bourg, 15400 Saint-Étienne-de-Chomeil

Pierre JOLY

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