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Master 2 "Microbiologie, Environnement, Santé"
UPMC - MNHN

Propositions stages MES 2019-2020

Titre

Laboratoire

Responsable

Lien

Développement d’un ELISA permettant la détection spécifique des anticorps dirigés contre la protéine
VP2 du virus de la Fièvre Catarrhale Ovine de sérotype 4 (FCO ou Bluetongue

UMR de virologie 1161 ANSES-INRA-ENVA, Maison Alfort

Emmanuel BREARD

1

Bioconversion de la lignine par des consortia microbiens issus du microbiome intestinal des termites

Laboratoire d’Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés
LISBP – INSA Toulouse
Guillermina HERNANDEZ-RAQUET

2

Etude de la production des bioplastiques (polyhydroxyalcanoates) par des cultures mixtes microbiennesLaboratoire d’Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés
LISBP – INSA Toulouse
Guillermina HERNANDEZ-RAQUET3
Identification des partenaires protéiques de Hef impliqués dans le redémarrage de la réplication chez l'archée Haloferax volcanii

Laboratoire d’optique et biosciences, Ecole polytechnique, Palaiseau

Roxane LESTINI

4

Capture de microorganisme par culture haut débit

 GENPHYSE, INRA, 31320 AuzevilleOlivier ZEMB5

L’Orange Carotenoid Protein, une protéine modulaire et photoactive chez les cyanobactéries

I2BC, CEA Saclay Diana KIRILOVSKY6

STAGE POURVU

Impact de la Matière organique sur la structure des communautés microbiennes lacustres (analyses bio-informatiques et réseaux de co-occurrence)

UMR 7618 iEES-Paris, Sorbonne UniversitéJulie LELOUP 7

Compétition inter-espèce pour le pouvoir pathogène : Qui gagne ? Qui se maintient ? Qui disparaît ?

UMR 7618 iEES-Paris, Sorbonne Université

Marie-Anne BARNY

Jacuqes PEDRON

 8

Approche multi-omique pour la compréhension des interactions entre Alexandrium et son microbiome

Laboratoire Phycotoxines, Ifremer, NantesEnora BRIAND9
Développement d’un système alliant cellules intestinales et bactéries commensales dans un système anaérobie afin améliorer la prédictivité des essais toxicologiques

ANSES, unité Toxicologie des contaminants, Fougères (35300)

Ludovic LE HEGARAT

 10

Etude comparative du photopériodisme sur des souches polaires, tempérées et tropicales de la
picoalgue Bathycoccus prasinos

Laboratoire d'Océanographie Microbienne, UMR 7621 CNRS-SU, Banyuls/mer

François-Yves BOUGET

 11

Le pathogène émergent Dickeya solani : comprendre son agressivité et lutter par biocontrôle

Institut de biologie intégrative de la cellule - I2BC, Gif-sur-Yvette

Denis FAURE

 12

Récurrence d’interactions biologiques entre protistes et bactéries dans le milieu marin côtier

Ifremer – Centre de Brest, 29280 Plouzané

Raffaele SIANO

13

Etat des lieux de la présence du parasite Cryptocotyle dans les produits de la pêche et de l'aquaculture : acquisition de données épidémiologiques et développement d'outils d'identification

Laboratoire de sécurité des aliments/ ANSES, Boulogne sur Mer

Mélanie GAY

14

Interactions entre microalgues et bactéries : influence de l’état physiologique et métabolique des microalgues sur la structuration des communautés bactériennes associées

Laboratoire DYNECO/PHYC - Centre Ifremer de Nantes

Enora BRIAND

15

Développement d’outils de surveillance de Bacillus thuringiensis dans l’alimentation

Laboratoire de Sécurité des Aliments (LSAl), Agence nationale de sécurité sanitaire, de l’environnement et du travail (Anses), Maison-Alfort Mathilde BONIS16

Chemotaxis in the Burkholderia insecticola – bean bug symbiosis

Institute of Integrative Biology of the Cell, Gif-sur-YvetteTsubasa OHBAYASHI,  Peter MERGAERT17

STAGE POURVU

Ecologie et biodiversité des bactérie magnétotactiques produisant des carbonates de calcium intracellulaires

UMR7265 BIAM, CEA Cadarache, 13108 St Paul lez Durance Christopher LEFEVRE 18
Identification et mise en évidence du rôle du microbiote dans la croissance de Nannochloropsis sp., une microalgue utilisée en aquaculture

MARBEC, Ifremer, IRD, Université de Montpellier, CNRS, Sète

GREENSEA, Parc Scientifique et Environnemental, Mèze

Angélique GOBET

Eric FOUILLAND

Adeline BECQUER

Jean-Paul CADORET

 19

Inhiber l’expression du gène csp21 chez l’amibe Acanthamoeba castellanii

Microbiologie de l’Eau, laboratoire EBI, UMR CNRS 7267, Poitiers

Ascel SAMBA

20

Diversité des communautés microbiennes et des particules virales au sein de méthaniseurs
industriels de déchets organiques

Irstea, UR PROSE (Procédés biotechnologiques au service de l’environnement), Antony Ariane BIZE 21

Métagénomique et diversité phylogénétique et fonctionnelle du phylum Bathyarchaeaota dans les sédiments marins profonds

Ifremer, Centre Bretagne de Plouzané dans le Laboratoire des Environnements Extrêmes (REM/EP/LM2E), Technopôle Brest-Iroise, Plouzané (Finistère). Laurent TOFFIN 22

STAGE POURVU

Capteur pour la détection de Vibrio spp. dans les échantillons environnementaux

Laboratoire de Biodiversité et Biotechnologie Microbiennes, Observatoire Océanologique de Banyuls

 Julia BAUDART

 23

Solubilisation du nickel et du chrome dans les sols en Nouvelle-Calédonie : rôle de
l’activité bactérienne

Institut des sciences exactes et appliquées (ISEA), EA7484. Université de la Nouvelle-Calédonie

Hamid AMIR

24

Etude des mécanismes d’adaptation aux stress salin et métallique des plantes
halophytes de Nouvelle-Calédonie : applications à la bioremédiation des pollutions lagonaires.

Institut des sciences exactes et appliquées (ISEA), EA7484. Université de la Nouvelle-Calédonie

 Linda GUENTAS

25

Etude des mécanismes d’adaptation des plantes hyper-accumulatrices de métaux
néo-calédoniennes : focus sur les adaptations racinaires et rhizosphériques.

Institut des sciences exactes et appliquées (ISEA), EA7484. Université de la Nouvelle-Calédonie

Valérie BURTET-SARRAMEGNA

26

Impacts d’un poisson herbivore invasif sur les communautés microbiennes de l’environnement

MARBEC (UMR 9190) : Marine Biodiversity, Exploitation and Conservation, Montpellier

Sébastien VILLEGER

27

Rôle des poissons dans le maintien de la diversité fonctionnelle des micro-organismes en
milieu marin

MARBEC (UMR 9190) : Marine Biodiversity, Exploitation and Conservation, Montpellier

Arthur ESCALAS

28

 Kéfir et fermentations liquides

Structure et Instabilité des Génomes, CNRS UMR7196 / Muséum National d’Histoire Naturelle, 43 rue Cuvier 75005, Paris

 Jean-Baptiste BOULE, 

Christophe LAVELLE

 29

Interactions entre collemboles et champignons phytopathogènes : utilisation des phéromones

MNHN, UMR MECEDV, 1 Avenue du Petit-Château, 91800 Brunoy

 Sandrine SALMON

 30

Impact d’une plante hôte sur les interactions bactériennes : suivi de la production de métabolites secondaires bioactifs chez des bactéries en co-culture sous influence d’extraits végétaux

UMR CNRS 5557 Ecologie Microbienne - Université Lyon 1, Villeurbanne

 Gilles COMTE

 31

Development of isothermal amplification methods for diagnosis of arthropod-borne diseases of livestock

Laboratoire de Santé Animale – UMR BIPAR, Equipe Mitick, Groupe Vectotiq, Maisons-Alfort

 Sara MOUTAILLER

 32

STAGE POURVU

Nouvelles étapes d'ingénierie de cyanobactéries recombinantes pour augmenter leur production photosynthétique de terpènes (cosmétiques, biocarburants)

Laboratoire de Biologie et Biotechnologie des Cyanobactéries, CEA Saclay

Corinne CASSIER-CHAUVAT

 33

Caractérisation fonctionnelle d’une protéine d’intérêt de la souche bio-protectrice Lactococcus piscium CNCM I-4031

Oniris, Ecole Nationale Vétérinaire et de l'alimentation, NantesRaouf TAREB, Marie-France PILET 34

Etude d’association pangénomique du succès épidémique de souches de Mycobacterium
tuberculosis multirésistantes impliquées dans des épidémies à large échelle.

UMR 7205, Equipe BIPEM – ISYEB - MNHN, Equipe Biologie intégrative des populations et évolution moléculaire Thierry WIRTH35

STAGE POURVU

Développement de méthodologies de concentration/purification et de détection de
particules femto-planctoniques inédites 

UMR 6023 – Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement
Université Clermont Auvergne
 Jonathan COLOMBET36

Impact du changement global sur la structure et le fonctionnement
des communautés planctoniques hivernales en mer Méditerranée

Laboratoire d’Océanographie de Villefranche (UMR7093, CNRS/SU) Frédéric GAZEAU37
Étude de l’écosystème microbien d’un environnement extrême : les sources hydrothermales volcaniques l'île de Vulcano (Italie)

Institut Méditerranéen d’Océanologie, Campus de Luminy, Marseille

 Gael ERAUSO

38

The microbiological terroir of vine plants : a biogeographic analysis

Université de Rennes 1, CNRS, UMR6553 ECOBIO.

Marine BIGET

39

Régulation de la production des métabolites secondaires chez la cyanobactérie Nostoc sp. exposée à différentes conditions de culture

 Muséum National d’Histoire Naturelle, UMR MCAM Sandra KIM TIAM 40
Impacts de la phylogénie et du régime alimentaire sur la composition du microbiote desoiseaux du Paléarctique Ouest

Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité. UMR7205 ISYEB, MNHN, Paris

 Jérôme FUCHS

 41

Interaction bacteria – viruses in soil: Response to soil water content and consequences on soil organic carbon dynamic

Université de Rennes 1, CNRS, UMR6553 ECOBIO.Cécile MONARD, Achim QUAISER 42

STAGE POURVU

Evaluation de la capacité des bactéries lactiques à inhiber la formation des biofilms

 Université de Laval, Facultés des Sciences de l`agriculture et de l`alimentation, sciences des
aliments, Québec, Canada
 Ismail FLISS 43

Identification de nouvelles fucanases chez une bactérie marine
dégradant les macroalgues

UMR8227 CNRS-Sorbonne Université, Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins, Station Biologique de Roscoff Stéphane EGEE 44
Impact des apports carbonés sur l’activité et la diversité microbienne dans des vasières intertidales : quel est le rôle des macroalgues ?

 UMR 6553 ECOBIO, Université Rennes 1

Céline ROOSE-AMSALEG, Justine LOUIS, Anniet LAVERMAN

 45

Effet d’un stress salin sur les performances de la digestion anaérobie et les dynamiques microbiennes associées

Irstea - Unité Hydrosystèmes et Bioprocédés (HBAN) - équipe Biomic (Antony, 92)

 Olivier CHAPLEUR

46

Analyse exploratoire de données multiomiques

Irstea - Unité Hydrosystèmes et Bioprocédés (HBAN) - équipe Biomic (Antony, 92)

Olivier CHAPLEUR, Laurent MAZEAS

47

Effets de l’acidification des océans et de l’élévation des températures sur les cyanobactéries du récif corallien : plasticité de la réponse allélochimique aux changements globaux

CRIOBE - USR 3278 : PSL Université Paris: EPHE-CNRS-UPVD, Perpignan

Isabelle BONNARD

48

Physiology of new hydrothermal microorganisms able to disproportionate inorganic sulfur compounds

LM2E laboratory, at the IUEM institute, PlouzanéMaxime ALLIOUX, Karine ALAIN 49

Microbiome et morphométrie chez les Thonidés tropicaux

Université Montpellier, UMR MARBEC

Yvan BETTAREL

50

Intégration des baignades dans le milieu naturel

Syndicat Marne Vive

Aurélie JANNE

51
Diversité des communautés microbiennes et des particules virales au sein de méthaniseurs industriels de déchets organiques

IRSTEA. Antony, Antony

 Ariane BIZE

52

Effets du mercure sur le phytoplancton dans le contexte du changement climatique

Département des Sciences de l'Environnement, Envirolabs, Université de Génève Vera SLAVEYKOVA 53

Analyse du métabolome de Penicillium chrysogenum par des approches métabolomique non ciblée par HPLC-HRMS et isolement traditionnel

Equipe Chimiodiversité des champignons marins et valorisation (ChiChaMVa), Laboratoire Mer Molécules Santé – Université de Nantes Samuel BERTRAND54

Utilisation d’une nouvelle base donnée de traits fonctionnels des microorganismes pour comprendre le fonctionnement des sols anthropisés

Laboratoire Interdisciplinaire des
Environnements Continentaux) UMR7360, CNRS-Université de Lorraine, Faculté des Sciences et
Technologies, Vandoeuvre-les-Nancy
 Aurélie CEBRON55

Diversité des communautés bactériennes d’un sédiment multicontaminé dans des
conditions fluctuantes d’oxygénation et de température.

Laboratoire Interdisciplinaire des
Environnements Continentaux) UMR7360, CNRS-Université de Lorraine, Faculté des Sciences et
Technologies, Vandoeuvre-les-Nancy

 Aurélie CEBRON

 56

STAGE POURVU

Recherche et mise au point de nouveaux protocoles pour l’étude de microorganismes d’intérêt agronomique

Laboratoire de Microbiologie et d’Hygiène – Groupe Roullier, Saint-Malo

 Morgane COMBY

 57

Comparaison de la biodiversité microbienne en lien avec la méthylation du mercure par une approche métagénomique

Departament de Biologia Marina i Oceanografia Institut de Ciències del Mar, CSIC, Barcelona, Catalunya

Claudia COSIO

Andrea GARCIA BRAVO

 58

Etude de la variabilité inter- et intraspécifique de l'activité ichtyotoxique au sein des dinoflagellés du genre Karlodinium 

IFREMER, laboratoire Environnement Ressources de Bretagne Occidentale (LER-BO) Station de Biologie marine de Concarneau

Malwenn LASSUDRIE 

Hélène HEGARET

 59
Évaluation de l’impact de modes d’usage contrastés sur les capacités fonctionnelles des microorganismes des sols par une approche séquençage massif sans a priori

UMR 1347 Agroécologie, équipe BIOCOM, Dijon

Sébastien TERRAT

Pierre-Alain MARON

 60

Recherche et analyse du pico-eucaryote marin Pelagomonas calceolata dans les metatranscriptomes de l’expédition Tara Pacific

Laboratoire d’Analyses Génomiques des Eucaryotes. Genoscope / CEA, Evry

 Quentin CARRADEC

61

Alvéolines: marqueurs taxonomiques ou marqueurs fonctionnels chez les Alvéolés?

Genoscope / CEA, Evry

Betina PORCEL

62

Exploration de la diversité des métabolismes du méthane par approche métagenomique

Biologie Évolutive de la Cellule Microbienne, Institut Pasteur, 75015, Paris

Guillaume BORREL

63

Effets et impacts de nano- et micro-plastiques, standards et issus de la Garonne, sur microalgues marine et d’eau douce

Station Marine d'Arcachon Place du Docteur Bertrand Peyneau, ARCACHON Agnès FEURTET-MAZEL64

Identification et caractérisation de nouvelles molécules naturelles à activité antiinflammatoire, à partir d’endophytes fongiques.

Laboratoire Lorrain de Chimie Moléculaire (L2CM), le laboratoire Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA) et Laboratoire de Cristallographie, Résonance Magnétique et Modélisations (CRM2)

 Rosella SPINA

65

Effets de l’acidification des océans et de l’élévation des températures sur les cyanobactéries du récif corallien : plasticité de la réponse allélochimique aux changements globaux

CRIOBE - USR 3278 : PSL Université Paris: EPHE-CNRS-UPVD, Perpignan

Isabelle BONNARD

66

Utilisation des réseaux moléculaires pour l’identification et la déréplication de souches antimicrobiennes associées aux termites

 CNRS-ICSN, Gif-sur-Yvette

 Véronique EPARVIER

67

Analyse métabolomique des interactions plantes/champignons : Cas du pathosystème
Pommier/Venturia inaequalis

 Laboratoire Agronomie et Environnement, Nancy

 Romain LARBAT

68

Intégration statistique de données « omiques » : application à l’étude de l’effet des mycotoxines

UMR TOXALIM - INRA, 31027 TOULOUSE

 Marie TREMBLAY FRANCO

69

Impact des épandages agricoles de matières organiques d’origine résiduaire sur les vers de terre et les micro-organismes du sol

 INRA, UMR Ecosys, Versailles

 Isabelle LAMY

70

Biosynthesis of new pyrrolamide antibiotics by synthetic biology

 Laboratory: Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud, Orsay

 Sylvie LAUTRU

71

Approches combinées de chimie et de génomique pour identifier des métabolites originaux et leurs voies de biosynthèse produits par une souche endophyte d’algue brune

 Muséum national d’Histoire naturelle. UMR 725 MNHN/CNRS. 63 rue Buffon 75005 Paris

 Soizic PRADO

 72

Etude des effets non intentionnels des méthodes de destruction des couverts sur
les communautés microbiennes telluriques en semis-direct sans pesticide sur CASYS

UMR 1347 Agroécologie, AgroSup/INRA/uB, Dijon

Aymé SPOR

 73

STAGE POURVU

How do traits of isolated cyanobacteria relate to the development of photogranules?

INRA-LBE, Narbonne

Esmee JORSTEEN

74

Matière organique et résilience des communautés microbiennes cas des cycles de replantations d’hévéa en Côte d’Ivoire

IRD- UMR 210 Ecologie Fonctionnelle & Biogéochimie des sols & des Agro-écosystèmes
Montpellier SupAgro, CIRAD, INRA, IRD

Amain BRAUMAN

 75

Dynamiques des émissions et composition des bioaérosols émis par les sols d’agrosystèmes - Enjeux pour la qualité de l’air

UMR 6553 CNRS Ecosystèmes, Biodiversité, Evolution. Équipe RITME (Réseaux d’interactions et Transferts de matière dans l’Environnement), Université de Rennes.

 Francoise BINET

77

Labilité de la matière organique dissoute en zone portuaire

MIO,  Université de Toulon

Benjamin MISSON

Véronique LENOBLLE

78

Etude des étapes précoces de la réponse immunitaire adaptative aux bactéries commensales
filamenteuses segmentées

 INSERM, Laboratoire d’Immunité Intestinale, Paris

 Marie CHERRIER

79

STAGE POURVU

Caractérisation, dynamique et impact d’un cyanophage sur les populations d’Aphanizomenon gracile

UMR 7245 CNRS/MNHN Molécule de Communication et Adaptation des Micro-organismes. Equipe "Cyanobactéries, Cyanotoxines et Environnement", ParisSébastien HALARY80

Recherche d’activités anti-bactériennes et anti-biofilms à partir d’extraits phénoliques de
macroalgues et de plantes halophytes pour la fonctionnalisation de biomatériaux en ingénierie
tissulaire

 Université de BrestGwenaelle LE BLAY, Claire HELLIO, Valérie STIGER81

STAGE POURVU

Microbiote des Téléostéens méditerranéens : quelle interaction avec leur hôte ?

UMR 7232 Biologie Intégrative des Organismes Marins
(BIOM), Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-mer, Equipe : INTERactions Marines – Evolution et aDaptation (INTERMED)
Sophie SANCHEZ-BROSSEAU82

STAGE POURVU

Biominéralisation de CaCO3 intracellulaire chez Microcystis, cyanobactérie formant des proliférations 

Institut de Minéralogie, Physique des Matériaux et Cosmochimie (IMPMC)

Institut d’Ecologie et des Sciences de l’Environnement de Paris (iEES-Paris)

Karim BENZERARA

Juie LELOUP

 83

 

 

 

 

14/11/19

Traductions :