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Master 2 "Microbiologie, Environnement, Santé"
UPMC - MNHN

Propositions stages MES 2020-2021

Titre

Laboratoire

Responsable

Lien

Dynamic of vibrio infection by virulent phages

Génomique des Vibrio-Laboratoire de biologie intégrative des modèle marins, SU, CNRS
8227 Station biologique de Roscoff

Frédérique Le Roux

1

Mechanisms responsible for resistance to antibiotics and heavy metals in vibrio

Génomique des Vibrio-Laboratoire de biologie intégrative des modèle marins, SUCNRS
8227 Station biologique de Roscoff
Frédérique Le Roux

2

Identification des partenaires protéiques de Hef impliqués dans le redémarrage de la
réplication chez l'archée H. volcanii
Laboratoire d’Optique et Biosciences. Ecole polytechnique, Route de Saclay, 91 128 PalaiseauRoxane Lestini3
Évaluation in situ d’indicateurs du fonctionnement biogéochimique des zones humidesCentre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques des Ecosystèmes
Limniques. INRAE UMR CARRTEL.
Thonon les Bains

Jean-Christophe Clément

4

Pathogen lifestyle in non-host plants

I2BC avenue de la Terrasse 91190 Gif-sur-YvetteDenis Faure5

Identification de revêtements et composés antifoulings durables
et caractérisation de leurs mécanismes d’action

STAGE POURVU

- Laboratoire de Biodiversité et Biotechnologies Microbiennes
Observatoire Océanologique de Banyuls

- Laboratoire Biomatériaux Bioingénierie INSERM/Université de Strasbourg UMR _S 1121

- Laboratoire de Chimie de la Matière Condensée de Paris

Raphaël Lami, Lydie Ploux, Lionel Nicole

6

Dynamique des interactions microbiennes aquatiques impliquées dans la dégradation de matière organique terrestre

STAGE POURVU

 - UMR 7205 ISYEB Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité, MNHN, Paris

- Laboratoire d'Océanographie Microbienne, Banyuls/mer

Lucie Bittner,

Fabien Joux

7

Liens entre conditions opératoires et diversité de communautés microbiennes dans des
méthaniseurs d’Ile-de-France

INRAE-PROSE (Procédés Biotechnologiques au Service de l’Environnement), Antony cedex, France.

Ariane Bize, Hoang Ngo

8

Etude de la production des bioplastiques (polyhydroxyalcanoates) par des cultures mixtes microbiennes 

Toulouse Biotechnology institute – Bio & Chemical Engineering (TBI).

Guillermina HERNANDEZ-RAQUET

9

Détection et quantification des différentes formes de viabilité de Listeria monocytogenes en biofilm

ANSES, Unité Bactériologie et Parasitologie des Produits de la Pêche et de l'Aquaculture, Boulogne sur Mer

Sylvain TRIGUEROS

10

Distribution géographique de Cryptocotyle, parasites potentiellement zoonotiques dans les produits de la pêche

ANSES, Laboratoire de Sécurité des Aliments, Unité Bactériologie et Parasitologie des Produits de la Pêche et de l’Aquaculture (B3PA) - Département Produits de la Pêche et de l’Aquaculture, Boulogne sur Mer

Mélanie GAY, Maureen DUFLOT

11

Isolement de métabolites actifs à partir de l’étude des interactions fongiques/bactériennes présentes au sein du lichen Rhizocarpon geographicum

UMR CNRS 6226 – Equipe COrInt, RennesSophie Tomasi

12

Caractérisation du métabolome du bivalve Dreissena polymorpha exposé à des cyanobacteries productrices ou non de microcystines

UMR 7245 MCAM - équipe Cyanobactéries, Cyanotoxines et Environnement, MNHN, Paris

Equipe CCE et UMR-I 02 SEBIO,
Université Reims Champagne Ardenne

Emilie Lance

13

Les virus transmis par les tiques :

1/Etude épidémiologique des virus transmis par les tiques présentes dans des échantillons collectés au niveau International à l’aide d’un outil haut débit basé sur des PCR microfluidiques en temps réel;

2/ Comparaison de la compétence vectorielle de deux espèces de tiques vectrices du virus Kemerovo

ANSES- Laboratoire de Santé Animale, Maison AlfortSara Moutailler

14

Impact de la salinité sur les cyanobactéries d’eau douce par une approche de microfluidique

 OSUR (ECOBIO and Géosciences, Rennes), IFREMER (Nantes)

Myriam Bormans

Nicolas Waisbord

15

Etude d’association pangénomique du succès épidémique de souches de Mycobacterium tuberculosis multirésistantes impliquées dans des épidémies à large échelle

MNHN, Equipe Biologie intégrative des populations et évolution moléculaire, Paris

Thierry Wirth

 16

Détection d’un ou plusieurs BALOs au moyen de sondes oligonucléotides

 UMR CARRTEL, INRAE, Thonon-les-BainsStéphan Jacquet

17

Dialogue microbien et maladies inflammatoires chroniques de l’intestin

STAGE POURVU

Equipe Microbiote, Intestin et Inflammation, Centre de Recherche St Antoine, Paris

Nathalie Rolhion

18
Etude de la réplication du virus de l’hépatite E dans les cellules épithéliales intestinales
humaines Caco-2

ANSES, Maison-Alfort

Sandra Martin-Latil

Nicole Pavio

 19

Etude de la formation et la quantification de biofilms de bactéries et de microalgues par microscopie confocale à balayage laser

SUJET A DEFINIR

Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine, Université Bretagne Sud, Lorient Fabienne Faÿ

 20

Capture de microorganisme par culture haut débit

GENPHYSE, INRAE, AuzevilleOlivier Zemb

 21

Does microbial diversity matter? Impact of carbon on denitrification and microbial diversity in intertidal mud flats

UMR 6553 ECOBIO, RennesAnniet LAVERMAN

22

Biominéralisation, formation de carbonate de calcium intracellulaire chez les cyanobactéries

SUJET A DEFINIR

CEA/DRF/Institut des Sciences du Vivant Frederic Joliot, Université Paris-SaclayCorinne Cassier-Chauvat

 23

Microbiotes de bivalves, activités anti bactériennes et résistome

Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin, Institut Universitaire Européen de la Mer, technopôle Bret-Iroise, Plouzané

G Le Blay et S Madec

24
Caractériser la diversité génétique des populations françaises de Microdochium spp., champignons pathogènes impliqués dans la fusariose des céréales.

 MycSA, Mycologie et Sécurité des Aliments, INRAE, Villenave d’ornon

Marie Foulongne-Oriol

25

Interaction bactéries – virus dans les sols: Rôle de la teneur en eau et conséquences sur la dynamique de la matière organique du sol

UMR ECOBIO – CNRS Université de Rennes 1

Cécile Monard, 

Achim Quaiser, 

Alexis Dufresne

26

Dynamique des interactions bactéries – virus dans les sols: Régulation par la teneur en eau des sols et conséquences sur les diversités bactériennes et virales

UMR ECOBIO – CNRS Université de Rennes 1

Cécile Monard, 

Achim Quaiser, 

Alexis Dufresne

27

Caractérisation de l’activité de fixation d’azote chez des bactéries diazotrophes marines interagissant avec des micro-algues photosynthétiques

UFIP – UMR6286
Université de Nantes

 François Delavat

28

Etude des Neuropeptides de Trichinella spiralis (NeuropepTrich) 

Anses – Laboratoire de Santé Animale/ UMR Bipar, Maison-Alfort.Grégory Karadjian

29

Etude de la socialisation des cellules de l'algue unicellulaire Chlamydomonas reinhardtii en réponse aux stress environnementaux

STAGE POURVU

Institut de Biologie Physico-Chimique (IBPC),  IBPC, UMR 8226 - CNRS/SU

Antoine Danon

 30
Elaboration et utilisation d’indices sanitaires pour caractériser les colonies d’abeilles en Europe – API_IND

ANSES de Ploufragan ou sur le site de l’ANSES à Maisons-Alfort.

Marie-Pierre Chauzat

 31
Connectivité de réseaux microbiens dans l’écosystème marin côtier de l’upwelling du Sénégal (Afrique de l’Ouest)

DYNECO/ Pelagos, 29280 Plouzané (Brest)

Raffaele Siano, Marc Sourisseau

32

Dynamique de consortiums microbiens symbiotiques issus du kéfir de fruit lors de la fermentation

STAGE POURVU

 UMR 7196 _ INSERM U1154, MNHN ParisJean-Baptiste Boulé, Christophe Lavelle

 33

Physiology and proteomics of hydrothermal microorganisms able to disproportionate
inorganic sulfur compounds

Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes (LM2E), IUEM/UBO, Plouzané, Brest

Maxime ALLIOUX

Karine ALAIN

34

Approches milli- et microfluidiques haute pression pour l’étude de communautés microbiennes issues de la biosphère profonde

Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes (LM2E), IUEM/UBO, Plouzané, Brest

Institut de Chimie de la Matière Condensée de Bordeaux (ICMCB), Groupe Fluides Supercritiques

 Karine ALAIN

35

Caractérisation des processus hydrogène-dépendant de production de formate par des micro-organismes hyperthermophiles associés aux écosystèmes hydrothermaux

UMR 6197 - Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes Ifremer - Centre Bretagne - Plouzané

Elodie Leroy, Anne Godfroy, Luc Dantan

 36

Etude de l’effet immunostimulant d’un probiotique chez l’huitre du Pacifique Crassostrea gigas

Laboratoire des Interaction-Hôte-Pathogènes-Environnement, UMR5244, PerpignanCéline Cosseau, Ève Toulza, Luc Dantan

 37

Les bactériophages : une stratégie d’avenir pour la lutte contre l’antibiorésistance ?

STAGE POURVU

Cimi-Paris, Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses, INSERM U 1135, SUDominique DECRE

38

Acquisition du fer en milieu marin : rôle des différentes formes d’un sidérophore, la pétrobactine

IPREM UMR5254 - UPPA/CNRS Pôle Chimie et Microbiologie de l'environnement Bâtiment IBEAS, Pau

Régis Grimaud, 

Sophie Nolivos

 39

Cinétique de la réponse du microbiome intestinal du téléostéen modèle Oryzias latipes lors d’une efflorescence de cyanobactéries toxinogènes : une approche expérimentale

STAGE POURVU

UMR 7245 CNRS-MNHN Molécules de Communication et Adaptation des Microorganismes, MNHN, Paris

Sébastien Duperron, 

Alison Gallet

 40

Estimation du taux de mutations structurales dans
les microalgues du phytoplancton

STAGE POURVU

Laboratoire de biologie intégrative des organismes marins, UMR7232. Observatoire Océanologique, Banyuls sur mer

Marc Krasovec

 41

Utilisation des outils -OMICs pour évaluer la biodégradation des plastiques par les microorganismes marins

STAGE POURVU

Laboratoire d'Océanographie Microbienne LOMIC - UMR 7621, Observatoire Océanologique de Banyuls

Jean-François Ghiglione,

Valérie Barbe

 42

Dynamique de transformation de la matière organique végétale par les champignons

STAGE POURVU

METIS, UMR7619, Département de Biogéochimie, Equipe géochimie organique et minérale de l’environnement et Equipe Microbiologie, Sorbonne Université, ParisThanh Thuy N'Guyen Tu, Sylvie Colin

43

Etude de la production microbiologique d’un anti-cancéreux, la cryptophycine, par la
cyanobactérie Nostoc sp. ATCC 53789

Laboratoire LIED, Equipe « Métabolisme secondaire des cyanobactéries »
Adresse : Université Paris Diderot, Paris
A. Méjean

44

Etude comparative du transcriptome de souches tempérées et polaires de la picoalgue Bathycoccus prasinos

Laboratoire d’Océanographie Microbienne. Observatoire de Banyuls sur Mer

François_Yves Bouget

 45

Métagénomique ciblée et capteurs passifs pour l’analyse de la diversité génétique en milieu marin

IFREMER, Laboratoire de microbiologie-LNR, Nantes

Françoise VINCENT-HUBERT

46

Influence des isolats bactériens endophytes sur la biosynthèse de la vanilline et sur la croissance de plants de vanille 

STAGE POURVU

Laboratoire d’écologie Microbienne (UMR5557, Lyon 1),

UMR Qualisud (Cirad & Université de
La Réunion)

Mass Spectrometry Lab, Institut de Chimie, Université de Liège (Belgique

Hasna BOUBAKRI

Loïc QUINTON, Hippolyte KODJA,

Jean-Christophe MEILE

47

Caractérisation morphologique, génétique et chimique de 8 genres de microalgues eucaryotes (Streptophyta, Desmidiales) de la collection de microalgues du MNHN

UMR 7245 CNRS-MNHN Molécules de Communication et Adaptation des Microorganismes, MNHN, Paris

Sahima Hamlaoui

Sébastien Duperron

 48

ÉTUDE DU MÉCANISME DE PHYTOTOXICITÉ DE LA SOUCHE STREPTOMYCES BS9

UMR Interactions arbres-microorganismes. Université de Loraine / INRAE

Laboratoire de Chimie et Physique – A2MC (Metz)

Bertrand AIGLE

 49

Interactions phages-bactéries dans des modèles de communautés microbiennes inspirées du cidre

Campus 1 Caen, Laboratoire Malim (Matrices Alimentaires et Microbiotes), UR Aliments Bioprocédés Toxicologie Environnements

Marion Dalmasso Pierre Ledormand

50

Rôle des micro-organismes dans le cycle géochimique du P

STAGE POURVU

Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), UNIVERSITE CLERMONT AUVERGNE

Anne-Catherine LEHOURS

51

Optimisation de la production de biosurfactants par des microorganismes et association à la phytoremédiation assistée de contaminants organiques

Laboratoire Sols et Environnement UMR UL/INRAE 1120 – IUT Thionville/Yutz

Stéphanie OUVRARD, 

Sonia HENRY

52

Rôle des biofilms dans la séquestration des métaux en milieu marin

Laboratoire MAPIEM-EA 4323-"Biofilms & Antifouling"
Université de Toulon
Jean-François Briand 

53

Dynamique du plancton marin : Influence du régime lumineux sur le devenir du carbone
et de l’azote fixés par les diazotrophes

Laboratoire d'Océanographie Microbienne (Banyuls)

Sophie Rabouille

Eva Ortega-Retuerta

54

POTENTIEL DU MICROBIOTE BACTERIEN DE L’ALGUE HAEMATOCOCCUS PLUVIALIS
POUR LE BIOCONTROLE DE L’AGENT PATHOGENE FONGIQUE PARAPHYSODERMA
SEDEBOKERENSE

STAGE POURVU

Chimie des produits naturels fongiques et bactériens (CPNFB), UMR 7245 - Molécules de Communication et Adaptation des Microorganismes, MNHN

Caroline Kunz

55

Exploring the genomic diversity of representative species of Archaea

 Genoscope, EvryRaphaël Méheust

56

Étude du microbiome de plusieurs communautés de poissons d’eau douce sur un gradient d’anthropisation

Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement, Université Paul Sabatier, Toulouse

Stéphanie Boulêtreau (EcoLab), stephanie.bouletreau @ univ-tlse3.fr,

Joël White (EDB)

57

Caractérisation de la réponse dynamique inflammatoire et immunitaire après une irradiation
fractionnée colorectale chez le rat : relation avec les modifications du microbiote fécal

Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire Laboratoire de Radiopathologie et Thérapies Expérimentales, Fontenay-aux-Roses Cedex

 Alexandra Sémont

58

Etude de l’électroactivité de la flore microbienne du moût de raisin

Laboratoire de Biotechnologie de l‘Environnement (LBE), INRAE, Narbonne

Laboratoire de Sciences Pour l’Oenologie (SPO), Université de Montpellier

Thibault Nidelet

Elie Le Quéméner

59

Etude des transferts d’électrons inter espèces au sein de consortia synthétiques de fermentation

Laboratoire de Biotechnologie de l‘Environnement (LBE), INRAE, Narbonne

Eric Trably, Elie Le Quemener

60

Impact de sidérophores microbiens sur la nutrition en fer et la santé du pois (Pisumsativum)

STAGE POURVU

UMR1347 Agroécologie, Pôle BIOmE (Biologie et fonctions écosystémiques des sols), INRAE, DijonSylvie MAZURIER

 61

La sélection génomique adaptée aux communautés bactériennes :
Construction de variants compositionnels de communautés microbiennes dégradants le
glyphosate et le 2,4D et détection d’espèces clés

UMR 1347 Agroécologie, Dijon 

Mathieu Siol, Ayme Spor

62
Identification et étude d’agents pathogènes du datura dans l’objectif de développer une solution de biocontrôle

 INRA de Dijon

Jean-Philippe Guillemin, Christian Steinberg

 63

Natural variation in viral resistance of the nematode Caenorhabditis elegans

STAGE POURVU

Institut de Biologie de l’Ecole Normale Supérieure, CNRS UMR8197

Marie-Anne Félix

64

16/11/20

Traductions :