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Master 2 "Microbiologie, Environnement, Santé"
UPMC - MNHN

Propostions stages MES 2021-2022

Titre

Laboratoire

Responsable

Lien

Création par la méthode CRISPR/Cas et caracterisation de mutants chez un champignon phytopathogène Botrytis cinerea

INRAE, UMR1318, Centre de Versailles-Grignon, Versailles

Marie-Christine Soulié

1

Microbial responses to changes in nutrient and temperature regimes in the Southern Ocean

Laboratoire d'Océanographie Microbienne, UMR7621 Sorbonne Univérsité, CNRS, Observatoire Océanologique de Banyuls.Ingrid Obernosterer2
Nature des interactions entre les bactéries lactiques et les BacillusInstitut National de la Recherche Agronomique, Domaine de Vilvert, 78352 Jouy-en-
Josas
Romain Briandet, Virgile Guéneau 3
Développement d'analyseurs portables pour la surveillance de la qualité de l'eau Fluidion, 94 Av. du Général de Gaulle, 94000 Créteil

Andreas Hausot, Dan Angelescu

 4

Caractérisation de biofilms impliquées dans les phénomènes de corrosion et valorisation de
molécules naturelles à visée antifouling

Laboratoire Biotechnologie et Chimie Marine, LorientFabienne Faÿ 5

Etude de la résistance bactérienne aux antibiotiques dans le miliieu marin

 

ANSES – Laboratoire de Sécurité des Aliments, Boulogne sur mer

Graziella MIDELET

 6

Impact de la salinité sur les cyanobactéries d’eau douce : approche de microfluidique

 ECOBIO, UMR CNRS 6553, Université de Rennes 1

 Myriam Bormans

7
A la recherche de nouveaux virus d’archées grâce à des approches combinant isotopie et analyses bioinformatiques de métaviromest

Unité 1461 INRAE-PROSE (Procédés biotechnologiques au service de l’environnement, Anthony

 Ariane BIZE

 8

Toxinotype et diversité génétique de souches de Clostridium perfringens isolées d’abattoirs dans les filières bovines, porcines et volailles

STAGE POURVU

Anses – Laboratoire de Sécurité des Aliments – Unité Staphylococcus, Bacillus et Clostridium, Maisons-Alfort

Olivier FIRMESSE

 9
Quantification de Listeria monocytogenes par spectroscopie Raman.

ANSES, Unité Bactériologie et Parasitologie des Produits de la Pêche et de l'Aquaculture

Sylvain TRIGUEROS

 10

Dynamique éco-évolutive de vibrio-phages dans des populations naturelles

Laboratoire de Biologie Intégrée des Modèle Marins (LBI2M)
UPMC-CNRS UMR 8227, Station Biologique de Roscoff

Frédérique Leroux

 11

Analyse comparée des méta-pangénomes d!Archaea : relier la diversité génomique des
espèces aux écosystèmes

 CEA / Genoscope / LABGEM, EvryRaphaël Méheust 12

Caractérisation du comportement dans l’environnement de produits de biocontrôle comprenant des substances naturelles appliqués en grandes cultures

(composante microbiologique à discuter avec responsable de stage)

INRAE - UMR ECOSYS (Écologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes), Equipe Science du Sol, Thiverval-Grignon

Laure Mamy

 13

Linkage between DOM composition and prokaryotic diversity across temporal scales in the NorthWestern Mediterranean Sea

Laboratoire d’Océanographie Microbienne UMR7621, Observatoire Océanologique, 66650 Banyuls sur Mer

Eva Ortega-Retuerta

 14

Etude comparative de la réponse à la photopériode et à la température chez des souches tempérées et polaires de picoalgues vertes 

 Laboratoire d’Océanographie Microbienne UMR7621, Observatoire Océanologique, 66650 Banyuls sur Mer

François-Yves Bouget

 15

Développement de biofilms protecteurs multi-espèces pour une
application dans les bâtiments d’élevage

Institut MICALIS - Institut National de la Recherche Agronomique, Domaine de Vilvert, 78352 Jouy-en-Josas

Romain Briandet

 16

Geomicrobiological interaction of sulfur-disproportionating microorganisms in a
hydrothermal context

STAGE POURVU

LM2E UMR6197 (CNRS-UBO-Ifremer), Laboratory of Microbiology of the Extreme
Environments
IUEM European Institute for Marine Studies, PLOUZANE

Stéven YVENOU, Karine ALAIN

 17

Analyse des communautés microbiennes dans les écosystèmes terrestres
et lacustres thermokarstiques, sous contrainte de la fonte du permafrost

Institut d'Ecologie et des Sciences de l'Environnement de Paris -UMR
7618/ Ecologie, Sytématique, Evolution - UMR 8079 / Laboratoire d'Océanologie et de
Géosciences - UMR 8187
Leloup Julie, Jardillier Ludwig, Christaki Urania 18

Evaluation of the biological nitrification inhibition capacity of certain tree and their effect on Nitrobacter

Laboratoire d’Ecologie Microbienne, UMR 1418 INRAE, UMR 5557 CNRS, équipe «
Diversité fonctionnelle microbienne et cycle de l’azote » et Centre d’Etude des Substances
Naturelles (CESN), Lyon
 Florio Alessandro 19

Adaptation membranaire chez les Archaea halophiles :
mécanisme et développement de proxys environnementaux

Laboratoire de Géologie de Lyon : Terre, Planète, Environnement (LGL-TPE), Université Claude Bernard Lyon 1 Vincent Grossi 20
Régulation de la production des métabolites chez l’actinobactérie Frankia lors de la rencontre avec son hôte Alnus glutinosa

UMR 5557 Laboratoire Ecologie Microbienne (LEM), Université Claude Bernard Lyon 1

Sandra KIM TIAM, Anne-Emmanuelle HAY

21

Physiological and Ecological impact of pre- and probiotic interventions in relation to food allergy in early-life

STAGE POURVU

Inserm U1135, Centre d'Immunologie et Maladies Infectieuses, Paris

Martin LARSEN

 22

Effet du changement climatique (réchauffement et apport de matière organique terrigène en excès) sur les activités et la diversité fonctionnelle des communautés
microbiennes lacustres

Equipe CoMIC – UMR 7618 iEES-Paris
Sorbonne Université /CNRS / IRD, Paris
Dominique Lamy, Fabien Joux 23

Identification d’antibiorésistance et de pathogénicité dans une exploitation aquaponique

Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l’Environnement - UMR 7564 CNRS - Université de Lorraine Frédérique CHANGEY24

Détection et persistance du pouvoir infectieux des norovirus dans les huîtres

 Ifremer, Laboratoire Santé Environnement Microbiologie, Unité MASAE,
département RBE, (Nantes)

 Marion Desdouits

25

Caractérisation de la perception du stress et de la signalisation impliquée dans l'agrégation cellulaire, un mécanisme de résistance au stress chez l'algue unicellulaire Chlamydomonas reinhardtii

STAGE POURVU

 Institut de Biologie Paris Seine, UMR 7238 CNRS "Biologie Computationnelle et Quantitative" Sorbonne Université

 Antoine Danon

 26

Effet de l’eutrophisation et de la saisonnalité sur la diversité virale taxonomique et fonctionnelle

STAGE POURVU

UMR7245 CNRS/MNHN Molécule de Communication et Adaptation des MicroorganismesSébastien Halary 27

Lien entre la diversité taxonomique et fonctionnelle microbienne et le turnover des matières organiques dans les sols agricoles influencés par des modes d’usage contrastés

UMR 1347 Agroécologie, équipe BIOCOM, DijonSébastien TERRAT 28

Caractérisation de l’activité de fixation d’azote
chez une bactérie diazotrophe marine
interagissant avec des micro-algues photosynthétiques

STAGE POURVU

UFIP – UMR6286, Université de Nantes

 François Delavat

 29

Diversité génétique et distribution des Perkinsidae (Alveolés) et des Thraustochytrides (Straménopiles) dans les populations de palourdes infectées par P. olseni dans la rade de Brest

Institut Universitaire Européen de la Mer de Plouzané – UMR 6539 / Laboratoire des
sciences de l’environnement marin (LEMAR), Rue Dumont d'Urville, 29280 Plouzané

Evelyne Derelle, Aurélie Chambouvet

 30

Microbiome des deux espèces de coraux profonds : Diversité, localisation et rôle fonctionnel

Laboratoire BOREA (UMR 8067), Biologie des Organismes et des Ecosystèmes Aquatiques, Equipe Adaptations aux Milieux Extrêmes, Paris

Magali Zbinden

 31

Pérennité des sols viticoles

(contenu du sujet à formaliser avec responsable de stage)

Maison Moët - MHCS - 20, avenue de Champagne 51200 Epernay

Diane COUROT

Chef de projet Développement œnologie - R&D (dcourot @ moethennessy.com)

 32

Octocorals and their Microbiota - Evolutionary Relationships at Mesophotic Depths

Centre Scientifique de Monaco, Unité de Recherche sur la Biologie des Coraux Précieux, 8 Quai Antoine 1er, MC 98000, Monaco Jeroen van de Water 33

Mise en évidence de capacités allélopathiques de biofilms autotrophes cultivés

UMR MARBEC SèteEric Fouilland (eric.fouilland @ cnrs.fr) 34
ISOLATION, IDENTIFICATION AND CHARACTERISATION OF THE MICROBIOTA OF THE FRESHWATER ALGA HAEMATOCOCCUS SP. – TOWARDS THE
BIOCONTROL OF THE EMERGING PATHOGEN PARAPHYSODERMA SEDEBOKERENSE

UMR 7245 - Molécules de Communication et Adaptation des Microorganismes ,
Laboratoire de Chimie des produits naturels fongiques et bactérien, MNHN, Paris

Caroline Kunz

 35

Biotransformation de polluants (hydrocarbures aromatiques polycycliques …) par des bactéries lichéniques dans le but de bioremédiation

Université de Rennes 1, ISCR UMR CNRS 6226, équipe COrInt

 Sophie TOMASI

 36

Optimizing growth conditions of cyanobacterial strains isolated from oxygenic photogranules

STAGE POURVU

 Laboratoire de Biotechnologie de l’Environnement, INRAE, Narbonne

 Jérôme Hamelin, Kim Milferstedt

 37

Modèle de prédiction du méthane

UMRH 1213, INRAE, St Genès ChampanelleMilka POPOVA, Maguy EUGENE  38

Tracking clock variations in pathogens: From simulations to the field.

STAGE POURVU

MNHN/EPHE, ISYEB, ÉQUIPE BIPEM Thierry Wirth 39

Amélioration qualitative de la caractérisation des microbiotes de sédiments en mangrove

STAGE POURVU

Unité BOREA, MNHN, Concarneau Tony Robinet 40

Occurrence de Legionella pneumophila et de mycobactéries dans les systèmes de traitement des eaux usées

STAGE POURVU

 Polytechnique Montréal

 Emilie Bédard

 41

Contamination par les métaux et les composés organiques : effets sur la structure des assemblages de diatomées et la présence
de déformations.

STAGE POURVU

Institut national de la recherche scientifique, Centre Eau Terre Environnement (INRS-ETE)

 Isabelle Lavoie

 42

High pressure/high temperature methanogenesis for CO2 recycling

ICMCB (Institute of Condensed Matter Chemistry of Bordeaux)Emeline Vidal, Anaïs Cario and Samuel Marre 43
Implication et interaction des communautés bactériennes et fongiques dans la dégradation du permafrost dans l’Océan Arctique

Laboratoire d’Océanographie Microbienne, Observatoire Océanologique de
Banyuls.

Fabien Joux, Luice Bittner, Jérôme Comte

 44

Toxicity of pesticides on the soil microbiota

STAGE POURVU

University of Thessaly, Department of Biochemistry and Biotechnology, Laboratory of Plant and Environmental Biotechnology

 Panagiotis Karas

45

Décryptage du rôle des microorganismes dans les cycles biogéochimiques et dans le fonctionnement de la zone anoxique des milieux lacustres (modèle, le lac Pavin) par une approche intégrative basée sur la culturomics

 LMGE UMR CNRS 6023 Corinne PETIT

46

Étude de la molécule signal contrôlant la production de kinamycine chez Streptomyces ambofaciens et de sa voie de biosynthèse

 Université de Lorraine Bertrand AIGLE

47

Suivi et contrôlede la fusariose de l’ail:détection précoce de l’agent pathogène Fusarium proliferatum par PCR digital

 UMR 1347 Agroécologie, équipe d’écologie des champignons telluriques et biocontrôle, INRAE, Dijon Véronique Edel-Hermann

48

Dynamique d’acquisition de la tolérance au glyphosate chez les communautés microbiennes périphytiques – étude en microcosmes

INRAE Lyon-Grenoble Auvergne-Rhône-Alpes, Villeurbanne Chloé Bonnineau

49

Evaluer les effets des produits de dégradation des pesticides sur la structure et les fonctions des
communautés microbiennes du périphyton – approche en microcosmes

INRAE Lyon-Grenoble Auvergne-Rhône-Alpes, Villeurbanne

 Chloé Bonnineau

50

Adaptation et résilience des communautés microbiennes benthiques aux substances pharmaceutiques

UMR CARRTEL, domaine universitaire du Bourget-du-Lac (73)

 Emilie Lyautey, Stéphane Pesce

51

Capacités de nutrition des parasites de microalgues marines

Laboratoire DYNECO-Pelagos, Ifremer Centre Bretagne, ZI de la Pointe du Diable, 29280 Plouzané

Cécile Jauzein

52

Diversité morphologique et moléculaire et spécificité des Haemosporidia chez les rapaces en France

STAGE POURVU

UMR7245 CNRS/MNHN Molécule de Communication et Adaptation des Microorganismes,
équipe Parasites et Protistes Libres
 Duval Linda 53

Caractérisation de la résistance des accessions de lentille aux agents responsables de pourritures racinaires

Centre INRAE Bourgogne Franche Comté, à Dijon, UMR 1347 AgroécologieChristian Steinberg, Nadim Tayeh 54
ETUDE DE LA PRODUCTION DES BIOPLASTIQUES (POLYHYDROXYALCANOATES) PAR DES CULTURES MIXTES MICROBIENNES

Toulouse Biotechnology institute – Bio & Chemical Engineering (TBI)

Guillermina HERNANDEZ-RAQUET

 55

Mobilité des bactéries en milieux poreux naturels remaniés ou non : Rôle dans le transfert facilité de polluants réactifs

IGE UMR 5001, Equipe HyDRIMZ, Grenoble

 Jean Martins

56

Analyse fonctionnelle du système de sécrétion de Type VII et des protéines LXG de la souche bioprotectrice Lactococcus piscium CNCM I-4031

Oniris, Nantes

Raouf Tareb

57

Microbiote bactérien impliqué dans la tolérance de la chlorophyte Ostreobium aux salinités élevées

Laboratoire MCAM UMR7245CNRS/MNHN

Anaïs Massé

58

La distribution des symbiotes fongiques mycorhiziens peut-elle contraindre celle de leurs hôtes ? Le cas d’une orchidée épiphyte tropicale distribuée sur une espèce d’arbre à la Réunion

Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité (ISYEB, MNHN)

Florent MARTOS

59

Discovery of lytic phages targeting pathogenic Erwinia bacteria for the protection of orchids

Department of Microbial Ecology, Netherlands Institute of Ecology (NIOO-KNAW), Royal Netherlands Academy of Arts and
Sciences (KNAW)

 Mark Zwart

 60

Spécialistes ou généralistes : des questions autour de l’interaction hôte-parasite

CEA/IBFJ/Genoscope/LAGE

Betina Porcel

61

Rôle des tuft cells dans l’efficacité thérapeutique d’une transplantation du microbiote fécal (TMF) sur les altérations radio-induites de l’épithélium colique de rats

STAGE POURVU

Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire, Fontenay aux Roses

Alexandra Semont

62

Caractérisation du biofilm microbien associé à des plastiques biodégradables

STAGE POURVU

 Laboratoire d'Océanographie Microbienne, UMR7621 CNRS-SU. Société Plastic@Sea.Jean-François Ghiglione, A-Leila Meistertzheim63

30/11/21

Traductions :