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Master 2 "Microbiologie, Environnement, Santé"
UPMC - MNHN

Propositions stages MES 2015-2016

 

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Laboratoire

Responsable

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STAGE POURVU

Etude préliminaire sur l’importance quantitative, la structure et la diversité des bactéries
prédatrices de bactéries : les Bdellovibrio et organismes apparentés

Station INRA d’Hydrobiologie Lacustre, 75 avenue de Corzent, 74203
Thonon-les-Bains cedex

Stéphan JACQUET (sjacquet @ thonon.inra.fr)

1

Exposition aux phycotoxines à effets diarrhéiques : identification des mécanismes d’action spécifiques à l’acide okadaïque, et aux dinophysistoxines 1 et 2

Unité Toxicologie des Contaminants. 10 B rue Claude Bourgelat, CS 40608, 35306 Fougères cedex

Antoine Huguet (antoine.huguet @ anses.fr)

2

Valorisation de la lignocellulose :
Impact de la teneur en solides sur la diversité microbienne des consortia microbiens et de leur potentiel de dégradation de la lignocellulose

Laboratoire d’Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP)
135 avenue de Rangueil
31077 Toulouse

Guillermina Hernandez-Raquet (hernandg @ insa.toulouse.fr)

3

The co-selection of heavy metal and antibiotic resistant genes in a large freshwater lake

Microbial Ecology Group, Institute of Ecosystem Study of the National Research Council of Verbania, Italy

Gianluca Corno (meg @ ise.cnr.it)

4

Attachment of antibiotic resistant bacteria to zooplankton specie

Microbial Ecology Group, Institute of Ecosystem Study of the National Research Council of Verbania, Italy

Diego Fontaneto (meg @ ise.cnr.it)

5

Rôle des bactéries sulfato-réductrices dans la biominéralisation de sulfures : implications pour la préservation de biosignatures au cours de l’histoire de la
Terre

MNHN, CNRS, UPMC,
IRD, UMR 7590. équipe GEOBIO. 61 rue Buffon / 4 place Jussieu (T23-22, 5eme etage). 75005 PARIS

Jennyfer Miot (jmiot @ mnhn.fr)

6

Ecologie chimique de la communication cellulaire en milieu marin : Modulation des interactions algues‐microorganismes par le quorum‐sensing

Laboratoire de Biodiversité et Biotechnologies Microbiennes Station marine de Banyuls-‐sur-Mer. Avenue du Fontaulé, 666650 Banyuls/mer

Raphal Lami (raphael.lami @ obs-banyuls.fr)

7

Etude des sources de pathogènes d’origine hydrique dans une base de loisir

Laboratoire Eau Environnement et Systèmes
Urbains, Université Paris Est Créteil, Faculté
des Sciences et Technologie, Créteil

Françoise Lucas (lucas @ u-pec.fr)

Claire Thérial (claire.therial @ u-pec.fr)

8

Mise en évidence de gènes d’amibes libres impliqués dans l’interaction avec les
bactéries intracellulaires

Laboratoire Ecologie et Biologie des Interactions, UMR CNRS 7267, Université de Poitiers

Yann Héchard (yann.hechard @ univ-poitiers.fr)

9

STAGE POURVU

Interaction amibes-mycobactéries pathogènes : rôle dans l’épidémiologie des infections
mycobactériennes animales

Laboratoire Ecologie et Biologie des Interactions, UMR CNRS 7267, Université de Poitiers

Yann Héchard (yann.hechard @ univ-poitiers.fr)

10

Influences combinées de bactéries à effet PGP et de champignons mycorhiziens à
arbuscules sur l’adaptation aux sols ultramafiques (métallifères) d’espèces végétales
endémiques de la Nouvelle-Calédonie

Laboratoire Insulaire du Vivant et de l’Environnement. BP R4, 98851 Nouméa Cedex, Nouvelle-Calédonie

Hamid Amir (hamid.amir @ univ-nc.nc)

11

Etude du rôle de la diversité phytoplantonique dans la production d’ammonium via
dégradation de matière organique dissoute

LIA MORFUN, Departement d’Oceanographie Universite de Concepcion, CHILI

Camila Fernandez (fernandez @ obs-banyuls.fr)

12

Estimation of the rate of transfer of resistance genes from complex communities into E.coli

INRA Toulouse, UMR GenPhySE
Auzeville (31)

Olivier Zemb (olivier.zemb @ toulouse.inra.fr)

13

Diversité des espèces rares du phytoplancton du lac Dziani (Mayotte)

Muséum National d’Histoire Naturelle
UMR 7245 CNRS-MNHN Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes Eq. Cyanobactéries, Cyanotoxines et Environnement, Paris

Cécile Bernard (cbernard @ mnhn.fr)

14

STAGE POURVU

Identifier et caractériser les traits d’émergence de populations phytopathogènes du genre
Dickeya

Institut de Biologie Cellulaire Intégrative (I2BC), Saclay

Denis Faure (denis.faure @ i2bc.paris-saclay.fr)

15

STAGE POURVU

Evaluation des effets de différentes cyanotoxines sur les capacités de défense du
bivalve d’eau douce, Dreissena polymorpha

UMR_I 02 INERIS-URCA-ULH SEBIO. Unité Stress Environnementaux et BIOsurveillance des milieux aquatiques
Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)

Emilie Lance (emilie.lance @ univ-reims.fr)

16

Les cyanobactéries benthiques des récifs coralliens de Tahiti : diversité et métabolome

Université de Polynésie Française, Université Nice Sophia Antipolis

Mayalen Zubia (mayalenzubia @ gmail.com)

Olivier Thomas (olivier.thomas @ unice.fr)

17

Développement de méthodologies pour la détection des signes infectieux dans des élevages
industriels de Tenebrio molitor

UMR 1319 INRA –Micalis, Domaine de Vilvert, 78350 Jouy en Josas

Ynsect - Genopole , 91058 Evry

Christina Nielsen-­‐LeRoux (christina.nielsen @ jouy.inra.fr)

Thomas Lefebvre (tle @ ynsect.com)

18

STAGE POURVU

Réponse des communautés phytoplanctoniques aux changements de pressions
anthropiques: intégrer la complexité des écosystèmes par des approches fonctionnelles

MNHN, 12 rue Buffon – CP 39 – 75005 Paris

Arnaud Catherine (arnocat @ mnhn.fr)

19

Détection d’arbovirus dans des échantillons de ruminants domestiques et d’insectes

ANSES, Laboratoire de Santé Animale, Unité de virologie, Maison Alfort

Emmanuel Bréard (emmanuel.breard @ anses.fr)

20

Analyse par microdissection laser du processus de formation des biofilms de Pseudomonas fluorescens sur les hyphes du champignon Laccaria bicolor

UMR1136 Interactions arbres/micro-organismes, INRA Champenoux

Aurélie Deveau (deveau @ nancy.inra.fr)

Cora Guennoc

21

Caractérisation des effets de cocktails d’antibiotiques et élément trace métallique sur des
processus microbiens du cycle de l’azote dans des sols amendés par des résidus organiques

INRA UMR 1402 – AgroParisTech ECOSYS, Versailles

CNRS UMR 7619 METIS, Paris

Olivier Crouzet (ocrouzet @ versailles.inra.fr)

Céline Roose-Amsaleg (celine.amsaleg @ upmc.fr)

22

STAGE POURVU

Etude de la biosynthèse des neurotoxines : anatoxine-a et homoanatoxine-a chez les
cyanobactéries

Laboratoire LIED, Equipe Cyanobactéries, Université Paris Diderot

Annick Méjean (annick.mejean @ univ-paris-diderot.fr)

23

Culturomics using microfluidics

INRA Toulouse, UMR GenPhySE
Auzeville (31)

Olivier Zemb (olivier.zemb @ toulouse.inra.fr)

24

Impact de la température sur la synthèse lipidique chez les archées nitrifiantes du sol

Evolution Paris-Seine, Equipe Génétique et Génomique des Thaumarchées, Institut de Biologie Paris-Seine, UPMC

Sylvie Collin (sylvie.collin @ upmc.fr)

25

Diversité chimique des métabolites secondaires produits par les principaux genres de
cyanobactéries d’eau douce

UMR 7245 MNHN/CNRS « Molécules de communication et adaptations des
micro-organismes »

Benjamin Marie (bmarie@mnhn.fr (bmarie @ mnhn.fr))

26

Etude des effets toxicologiques chez le poisson médaka d’extraits de cyanobactéries d’eau douce et
recherche de molécules à potentielle activité de type perturbateur endocrinen

UMR 7245 MNHN/CNRS « Molécules de communication et adaptations des
micro-organismes »

Benjamin Marie

(bmarie@mnhn.fr (bmarie @ mnhn.fr))

27

Dynamique de la composante microbienne
de l’holobionte corallien au cours de la réponse au stress thermique

Laboratoire des Interactions Hôtes-­‐Pathogènes-­‐Environnements, UMR5244,
Perpignan

Eve Toulza (eve.toulza @ univ-perp.fr)

28

Résistance de Vibrio splendidus aux peptides
antimicrobiens : déterminants membranaires et conséquences pour sa survie dans les phagocytes d'huitre

Laboratoire des Interactions-­‐Hôtes-­ Pathogènes-­‐Environnement (IHPE), UMR5244.
Université de Montpellier

Delphine Destoumieux-­‐Garzon (ddestoum @ ifremer.fr)

29

STAGE POURVU

Effets de la température et de la lumière sur la physiologie et le métabolisme d’une
microalgue modèle du picophytoplancton eucaryote

Laboratoire d’Océanographie Microbienne, UMR7621 UPMC-CNRS. Observatoire Océanologique de Banyuls, Banyuls/mer

François-Yves Bouget (fy.bouget @ obs-banyuls.fr)

30

Etude et comparaison de dispositifs de prélèvements pour la mesure
d’exposition aux bioaérosols dans les atmosphères professionnelles

Laboratoire de Métrologie des Aérosols
Département Métrologie des Polluants
INRS - Centre de Lorraine
54519 VANDOEUVRE les NANCY CEDEX

Xavier Simon (xavier.simon @ inrs.fr)

31

Influence des conditions de traitement des échantillons sur les résultats de dosage des
(1,3)-­‐β-­‐D-­‐glucanes

Laboratoire de Métrologie des Aérosols
Département Métrologie des Polluants
INRS - Centre de Lorraine
54519 VANDOEUVRE les NANCY CEDEX

Philippe Duquenne (philippe.duquenne @ inrs.fr)

32

Etude des caractéristiques d’une méthode de
mesure des moisissures dans les bioaérosols par
qPCR

Laboratoire de Métrologie des Aérosols
Département Métrologie des Polluants
INRS - Centre de Lorraine
54519 VANDOEUVRE les NANCY CEDEX

Philippe Duquenne (philippe.duquenne @ inrs.fr)

33

Molécules responsables de l’activité
antibiotique des extraits de culture d’actinobactéries isolées sur la cuticule de fourmis de Guyane

UMR EcoFoG, Institut Pasteur de la Guyane, 23 Avenue Pasteur BP6010, 97306 Cayenne

Christophe Duplais (Christophe.duplais @ ecofog.gf)

Caroline Birer (Caroline.birer @ ecofog.gf)

34

Impact du prétraitement par extrusion réactive sur l’activité et la diversité microbienne lors de la bioconversion de la lignocellulose

Laboratoire d’Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP)
135 avenue de Rangueil
31077 Toulouse

Guillermina Hernandez-Raquet (hernandg @ insa.toulouse.fr)

35

STAGE POURVU

Diversité génétique et fonctionnelle des communautés microbiennes des sols urbains

Institut d’Ecologie et des Sciences de l’Environnement, Paris

Thomas Lerch (thomas.lerch @ u-pec.fr)

36

Réponses des communautés microbiennes et virales des sols aux pratiques d’amendements organiques des terres.

Ecosystèmes, Biodiversité, EvolutionUMR 6553 ECOBIO, Rennes

Cécile Monard (cecile.monard @ univ-rennes1.fr), Françoise Binet (francoise.binet @ univ-rennes1.fr), Agnès Gareil

37

Développement d’une méthode d’identification moléculaire de la
signature génétique laissée par un ver de terre dans un agrégat de sol

Luxembourg Institute of Science and Technology, Environmental Research and
Innovation, Luxembourg

Institut d’écologie et des sciences de l’environnement de Paris, équipe Biogéographie et diversité des interactions du sol, Faculté des Sciences et Technologie de l’Université
Paris Est Créteil.

Anne Zangerlé (zangerleanne @ yahoo.fr)

Lise Dupont (lise.dupont @ u-pec.fr)

Thomas Lerch (thomas.lerch @ u-pec.fr)

38

Concept de facilitation écologique chez les communautés algales : de la théorie à la pratique

Station Marine Université de Montpellier, 2 rue des chantiers, 34200 Sète

Eric Fouilland (eric.fouilland @ cnrs.fr)

39

STAGE POURVU

Analyse de la dynamique des cyanobactéries dans un plan d’eau urbain

LEESU Laboratoire Eau, Environnement et Systèmes Urbains – Ecole des Ponts ParisTech, Marne‐la‐Vallée

Brigitte Vinçon‐Leite (bvl @ leesu.enpc.fr)

40

STAGE POURVU

Développement de bactéries calcifiantes en milieu alcalin : recherche et analyse de
matrices protectrices

Laboratoire Comportement physico-chimique et durabilité des matériaux, IFSTTAR, Marne-la-Vallée, France

Marielle Gueguen (marielle.gueguen @ ifsttar.fr)

41

Etude du rôle écologique des toxines du dinoflagellé benthique Ostreopsis cf. ovata

Université de Nice

Laboratoire d'Océanographie de Villefranche

 

Eva Ternon (Eva.TERNON @ unice.fr)

 

Rodolphe Lemée (lemee @ obs-vlfr.fr)

 

42

Médiation chimique au sein d'un écosystème corallien modèle en Polynésie française

CRIOBE, USR CNRS-EPHE-UPVD 3278, Laboratoire de chimie des biomolécules et de l'environnement, Université de Perpignan

Isabelle Bonnard (isabelle.bonnard @ univ-perp.fr)

Bernard Banaigs (banaigs @ univ-perp.fr)

43

Optimisation des étapes de séquençage et de traitement des donnée

Centre de recherche- Veolia Recherche et Innovation. Chemin de la digue - BP 76
78603 Maisons-Laffitte Cedex

Aude Fourçans (aude.fourcans @ veolia.com)

44

Impact de Wolbachia sur la perception de son hôte

Laboratoire EBI, Equipe Ecologie, Evolution symbiose, Université de Poitiers

Freddie-Jeanne Richard (freddie.jeanne.richard@univ-poitiers.f (freddie.jeanne.richard @ univ-poitiers.fr)r (freddie.jeanne.richard @ univ-poitiers.fr))

45

STAGE POURVU

Colonisation et dégradation des plastiques en mer par les microorganismes

Laboratoire d'Océanographie Microbienne UMR 7621, Observatoire Océanologique de Banyuls

Jean-François Ghiglione (ghiglione @ obs-banyuls.fr)

46

Développement d’un test de contact utilisant les microalgues d’eau douce pour le screening de l’écotoxicité des nanoparticules

INERIS - Direction des Risques Chroniques - Pôle VIVA - Unité EXES
Parc Technologique Alata BP 2, 60550 Verneuil-en-Halatte

Nicolas Manier (nicolas.manier @ ineris.fr)

47

Evaluation des pressions anthropiques et de la qualité des eaux lagonaires dans la baie de Faaroa (Raiatea, Polynésie française)

UMR 241 « Ecosystèmes Insulaires Océaniens », Université de la Polynésie française (UPF), Tahiti, Polynésie française
Service du Développement Rural (SDR), Uturoa, Raiatea, Polynésie française

Ecole des Mines d’Alès (EMA), 6 avenue de Clavières, 30319 Alès cedex, France

Céline Lafabrie (celine.lafabrie @ upf.pf)

48

STAGE POURVU

Etude en réacteurs de l'impact de la communauté microbienne sur la survie d'espèces minoritaires, en lien avec la matière organique biodisponible

Laboratoire de Biotechnologie de l’Environnement, INRA, Narbonne

Nathalie Wéry (nathalie.wery @ supagro.inra.fr)

49

STAGE POURVU

Investigating the Regulation Mechanisms of Perchlorate and Nitrate Metabolisms in
Perchlorate Reducing Bacteria Azospira suillum PS

University of California, Berkeley
271 Koshland Hall
Berkeley, CA

John D Coates (jdcoates @ berkeley.edu)

50

STAGE POURVU

Impact des interactions microbiennes
entre les souches phytobénéfiques Azospirillum brasilense Sp245 et
Pseudomonas fluorescens F113 sur leurs
métabolismes secondaires respectifs

UMR CNRS 5557 Ecologie Microbienne, Université Lyon 1.

Claire Prigent-Combaret (claire.prigent-combaret @ univ-lyon1.fr)

51

STAGE POURVU

Influence des dinoflagellés toxiques sur la photosynthèse du phytoplancton

Institut de Biologie Physico-Chimique de Paris

Benjamin Bailleul

52

STAGE POURVU

Effet des microorganismes sur l'altération des pierres calcaires des Monuments en milieu urbain pollué

 

Université Paris Est Créteil

- IEES Paris (Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris, Département Sol et Eau)

- LISA (Laboratoire Interuniversitaire des Systèmes Atmosphériques)

Clarisse Bolou-Bi (clarisse.bolou-bi @ u-pec.fr),

Aurélie Verney-Carron (mandana.saheb @ lisa.u-pec.fr)

53

STAGE POURVU

Application of metagenomics approaches for the discovery of novel bacterial oxidoreductase genes in Alpine paleosols

Queen's University Belfast

Christopher Allen

54

    
    

Fabien Joux - 06/07/16

Traductions :