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Master 2 "Microbiologie, Environnement, Santé"
UPMC - MNHN

Stage de 2ème semestre

UE de stage (30 ECTS) :

Le stage devra permettre de démontrer les aptitudes de réflexion et les capacités techniques et méthodologiques des étudiants, confrontés à une question scientifique ou technique inédite. Le stage est sanctionné par une présentation orale et un rapport détaillé d’environ 30 pages, qui reprend l’architecture d’une publication scientifique lorsqu’il s’agit d’un stage de recherche. Les stages réalisés en entreprise devront illustrer la connaissance qu’ont acquis les étudiants des problématiques de l’entreprise, définir la question posée et démontrer les mesures mises en place pour apporter une solution scientifique, technique, organisationnelle ou managériale satisfaisante. Les stages de recherche devront prendre fin en juin de façon à permettre aux étudiants de préparer les concours d’allocations aux Ecoles doctorales. Les stages en entreprise, après accord du comité pédagogique, pourront faire l’objet d’une soutenance en septembre.

Consignes de redaction du memoire de master

Document à télécharger.

laboratoires et entreprises d’accueil :

Cette liste n'est pas exhaustive.

  • Adaptation et Diversité de l'Environnement Marin, Equipe  Procaryotes photosynthétiques marins, UPMC-CNRS UMR7144. Station Biologique de Roscoff
  • Agence de l'Eau Seine-Normandie, Nanterre
  • Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES), Unité Ecophysiologie et Détection Bactérienne, Maison Alfort
  • Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES), Unité Caractérisation et Epidémiologie Bactérienne, Maison Alfort, Maison Alfort
  • Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES), Unité de Toxicologie des Contaminants, Fougères
  • Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), UMR 7208 MNHN, Paris
  • Biologie Intégrative des organismes marins, UMR 7232, Observatoire Océanologique de Banyuls
  • BIOTOPE Recherche et Développement, Mèze
  • BRGM Orléans
  • Centre Hospitalier National d'Ophtalmologie des Quinze-Vingts, Paris
  • Danone Research, “Gut, Microbiology and Probiotics Plateform”, Palaiseau
  • Ecole Centrale de Lyon - Laboratoire AMPERE, UMR CNRS 5005, Ecully
  • EDF Recherche et Développement - Département  Laboratoire National d’Hydraulique et Environnement, Chatou
  • Equipe émergente Ifremer-UPMC « Génomique des Vibrio », FR2424, Roscoff
  • Groupe ROULLIER – Société LMH, Dinard
  • IFREMER Département Amélioration Génétique Santé Animale et Environnement, Laboratoire Génétique Pathologie, La tremblade
  • IFREMER Département dynamique de l’environnement côtier (DYNECO), Brest
  • IFREMER Laboratoire de Microbiologie, Nantes
  • IFREMER Station Aquacole de Saint-Vincent, Boulouparis, Nouvelle Calédonie.
  • INERIS - Direction des Risques Chroniques - Pôle VIVA - Unité EXES, Verneuil-en-Halatte
  • INRA Centre de Jouy, Jouy en Josas
  • INRA Centre de Versailles-Grignon, Versailles
  • INRA Laboratoire de Biotechnologie de l’Environnement UR50, Narbonne
  • INRA plateforme GenoSol, Dijon
  • INRA UMR CARRTEL Station dʼHydrobiologie Lacustre, Thonon les bains
  • INRA unité Microbiologie de l'alimentation au service de la santé humaine (MICALIS), Massy
  • INRA UMR1289 "Tissus Animaux, Nutrition, Digestion, Ecosystèmes et Métabolisme", équipe Ecologie Microbienne Digestive Comparée, Toulouse
  • Institut d'Ecologie et des Sciences de l'Environnement (UPMC, CNRS, INRA, IRD, Univ. Paris Diderot, UPEC)
  • Institut de Génétique et Microbiologie, UMR 8621, Université Paris-Sud, Paris
  • Institut de minéralogie et de physique des milieux condensés, UMR7590, Paris
  • Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS), Unité d’écotoxicologie in vitro et in vivo, Verneuil en Halatte
  • Institut Pasteur Unité de Génétique Moléculaire des Bunyavirus, CNR des Borrelia, Paris
  • Institut Pasteur Unité Infections bactériennes invasives, Paris
  • Institut Pasteur, Unité de Biologie des Interactions Hôte Parasite, Paris
  • Institut Pasteur, Unité Biologie des Spirochètes, Paris
  • Interfaces, Traitements, Organisation et Dynamique des Systèmes (ITODYS) CNRS - UMR 7086, Université Paris Diderot, Paris
  • IRSTEA, UR Hydrosystèmes et Bioprocédés équipe Bioprocédés et biotechnologies microbiennes pour la valorisation des déchets (BIOMIC), Antony
  • L'Oréal Recherche et Innovation, Direction Internationale de la Microbiologie, Chevilly Larue
  • Laboratoire Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA) UMR 7208, CNRS, MNHN, UPMC, IRD, Paris
  • Laboratoire d'Ecogéochimie des Environnement Bbenthiques, UMR 8222 Observatoire Océanologique de Banyuls
  • Laboratoire d'écologie et d'évolution, UPMC-CNRS UMR7625, Paris
  • Laboratoire d'écologie fonctionnelle et environnement (ECOLAB) UMR5245, Toulouse
  • Laboratoire d'Optique et Biosciences INSERM U696 CNRS UMR7645, Ecole Polytechnique, Paris
  • Laboratoire d’Ecotoxicologie – Milieux Aquatiques (LEMA), Univ. Du Havre, Le Havre
  • Laboratoire d’Océanographie Microbienne, UMR 7621, Observatoire Océanologique de Banyuls
  • Laboratoire de Physiologie et Biotechnologies Végétales, Université d'Auvergne.  IUT de Clermont-Ferrand, Aurillac
  • Laboratoire Eau et Environnement Systèmes Urbain. Ecole Nationale des Ponts et Chaussée, Marne la Vallée Champs
  • Laboratoire Ecologie Microbienne des Hydrosystèmes Anthropisés, CEMAGREF, Lyon
  • Laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution, UMR 807, Université Paris-Sud, Orsay
  • Laboratoire image, ville, environnement (LIVE) UMR 7662, Strasbourg
  • Laboratoire Insulaire du Vivant et de l’Environnement, Université de Nouvelle-Calédonie
  • Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC) UMR 7360, Université de Lorraine
  • Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement, UMR CNRS 6023, Clermond Ferrand
  • Molécules de Communication et Adaptation des Microorganismes, UMR 7245 CNRS/MNHN, Paris
  • Molécules Mer Santé, EA 2160 UFR Sciences Pharmaceutiques, Université de Nantes, Nantes
  • NOR FEED SUD, Angers
  • Origine, Structure et Evolution de la Biodiversité, UMR 7205 MNHN/CNRS, Paris
  • PlasmaBiotics, Issy les Moulineaux
  • SANOFI France, Département Qualité et Conformité produits injectables et inhalés des Affaires industrielles de Sanofi, Antony
  • SANOFI-AVENTIS, Unité maladies infectieuses, Toulouse
  • SENSIENT, Saint-Ouen-l'Aumône
  • Service Evaluation de la Qualité de l'Air ADEME
  • Structure et fonctionnement des systèmes hydriques continentaux  UMR7619, Paris
  • Suez Environnement, CIRSEE, Le Pecq
  • Systématique, Adaptation, Evolution UMR 7138 (UPMC MNHN CNRS IRD) Equipe Adaptation aux Milieux Extrêmes
  • Unité de Biologie Fonctionnelle et Adaptative, EAC 4413, Université Paris Diderot, Paris
  • Université du Littoral Côte d’Opale, Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant (CEIV EA 4492), Dunkerke
  • Veolia Environnement Recherche & Innovation. Département Analyse - Pôle Analyse et Monitoring Biologique, Saint Maurice
  • Veolia Environnement. Centre de recherche sur l’eau, Maisons-Laffitte Cedex
Exemples de propositions de stage dans différentes structures d’accueil :


 - Les communautés microbiennes photosynthétiques des sols comme bioindicateurs des pressions phytosanitaires dans les agrosystèmes (UMR Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes , INRA, Centre de Recherche de Versailles)
- Impact de la fréquence de désinfection sur la survie de Listeria monocytogène dans les conditions rencontrées dans les ateliers agro-alimentaires (ANSES, Maisons-Alfort)
- Effets de la température et de la photopériode sur le déclenchement du bloom phytoplanctonique printanier (Laboratoire d'Océanographie Microbienne, Banyuls/mer)
- Développement de méthodes d'oxydation de polluants organiques persistants (POP) couplant un procédé d’oxydation chimique à la biodégradation par deschampignons telluriques saprotrophes (Université du Littoral Côte d’Opale, Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant- CEIV EA 4492, Dunkerke)
- Génomique comparative de 15 isolats fromagers appartenant au genre Brevibacterium : adaptation métabolique et spécificités fonctionnelles à un milieu écologique récent : la croûte fromagère (Centre INRA Versailles-Grignon)
- Isolement et caractérisation de nouveaux phages de leptospires (Institut Pasteur, Unité Biologie des Spirochètes)
- Impact de la diversité des Graminées et ligneux de savane sur la diversité microbienne et le fonctionnement des sols : cycle de l’azote (UMR 7618 iEES équipe Communautés microbiennes des milieux continentaux, Paris)
 -  Validation de l’approche biocapteur luminescent Ostreococcus tauri pour la détection de polluants dans l’environnement marin (Laboratoire d'Océanographie Microbienne, Banyuls/mer)
- Impact du tassement des sols sur les communautés méthanogènes et méthanotrophes (UPEC - Faculté des Sciences et technologie - iEES Paris)
- Etude du fonctionnement biogéochimique de différentes zones tampons boisées (LIVE UMR 7362 Université de Strasbourg et RITTMO, Colmar)
- Perturbations chimique et enzymatique de la signalisation quorum-sensing de phytopathogènes bactériens (Institut des Sciences du Végétal, UPR2355 CNRS Gif-sur-Yvette)
- Rôle des cyanobactéries dans le cycle de l’azote du lac Dziani (Mayotte) (UMR 7245 CNRS-MNHN, Paris / UMR 5119 ECOSYM, Sète)
- Effets de l’inoculation in planta de souches endophytes fongiques sur l’algue brune Laminaria digitata en condition de stress biotiques (UMR 7245 CNRS-MNHN Unité MCAM, Paris)
- Role of parasites on contaminant flux in aquatic ecosystems: implications for biological invasions in a context of global change ( Department of Wetland Ecology, Estación Biológica de Doñana (CSIC) / Laboratoire "Microorganismes : Génome et Environnement", UMR CNRS 6023, Clermond Ferrand)
- Isolement et caractérisation d'amibes impliquées dans les kératites (Laboratoire du Centre Hospitalier National d'Ophtalmologie des Quinze-Vingts, Paris)
- Interaction mousses-cyanobactéries dans le contexte forestier français (MNHN. Cryptogamie. Paris)
- Symbiose bactéries/moules abyssales poussant à proximité des fumeroles (UMR 7208 BOREA équipe Adaptation aux Milieux Extrêmes. UPMC)- Dénombrement de faibles taux de Listeria monocytogenes dans les matrices alimentaires, à l’aide d’une méthode basée sur la filtration sur membrane (ANSES, Paris).
- Evaluation d'un système de protection intégrée des cultures visant à gérer la flore adventice en réduisant l'usage des herbicides (INRA, Dijon).
- Etude de la dégradation de la morpholine en bioréacteur aérobie par des souches environnementales (EDF, Chatou).
- Etude comparative de l’écotoxicité du dioxide de titane nanoparticulaire vis-à-vis des organismes aquatiques (INERIS, Verneuil-en-Halatte).
- Etude de la dynamique des populations bactériennes totales et nitratantes dans un bioréacteur à membrane de nitrification/dénitrification. (INRA, Narbonne).
- Diversité des virus présents dans les bioprocédés de méthanisation (IRSTEA, Anthony).
- Evolution du couplage autotrophe - hétérotrophe dans un milieu peu profond soumis à une eutrophisation (IFREMER, Nouvelle-Calédonie).
- Mise en place de protocoles, tests de désinfection avec un plasma froid (PlasmaBiotics, Orsay).
- Dynamiques des formes azotées dans la Seine en Ile-de-France : Sources et puits du nitrite (UPMC-CNRS, Paris).
- Impact de différents polluant sur l'écologie microbienne des biopiles par des approches QPCR et RISA (Ecole Centrale de Lyon).
- Etude des communautés microbiennes au cours d’une succession de blooms de cyanobactéries fixatrice d’azote et non-fixatrice d’azote (UPMC-CNRS, Paris).
- Caractérisation de molécules inhibant la formation de biofilms ou dispersant des biofilms déjà constitués (Sanofi, Toulouse).
- Optimisation et validation d’une méthode utilisant la cytométrie en flux pour la détection des bactéries à partir d’échantillons d’eau (Véolia, Paris).
- Dynamique de récupération de biofilms microbiens suite à une diminution du niveau d’exposition au cuivre (IRSTEA, Lyon.
- Etude de la diversité et des propriétés antibiotiques et autres de bactéries associées à une espèce d'éponge (UPMC-CNRS, Banyuls).
- Etude de la flexibilité de l’association symbiotique entre une moule des sources hydrothermales et des bactéries méthanotrophes et sulfoxydantes (UPMC-CNRS, Paris).
- Eco-épidémiologie de la Borréliose de Lyme - comparaison entre deux régions et rôle d'un hôte allochtone à Sénart (Institut Pasteur, Paris).
- Effets toxiques de l’exposition chronique de poissons médaka à différents extraits de cyanobactéries (M. aeruginosa) : Études anatomo-pathologiques sur le foie et les organes reproducteurs (MNHN-CNRS, Paris)
- Etude de bactériophages de bactéries de l’environnement : Xanthomonas malvacearum et Corynebacterium glutamicum (Univ. Paris-Sud-CNRS, Orsay).
- Cytotoxicité du chlordécone sur les biofilms de rivière (MNHN-CNRS, Paris).
- Détection des microcystines (toxines de cyanobactéries) dans les plans d'eau péri-urbains (MNHN-CNRS, Paris).
- Diversité microbienne dans des points d’eau du Parc National d’Hwange et sa périphérie, Zimbabwe (Univ. Paris-Sud-CNRS, Orsay).
- Mise au point d’un test de diagnostic sur des lignées luminescentes transformées de la microalgue marine Ostreococcus tauri pour tester la toxicité d’hydrocarbures (UPMC-CNRS, Banyuls).
- Etude de la biodiversité des kinétoplastidés de Guyane (MNHN-CNRS, Paris).
- Contribution à l’étude des Dicyémides parasites des sacs rénaux de Céphalopodes : Evaluation de la biodiversité par des approches moléculaires (MNHN-CNRS, Paris).
- ETBE : un micro polluant émergent. Traitement des composés oxygénés des essences par biodégradation (Suez-Environnement, Paris).
- Développement du dosage de la vitellogénine et des ecdystéroïdes chez 2 espèces de crustacés d’intérêt écotoxicologique et environnemental exposées à des perturbateurs endocriniens (Univ. Du Havre, Le Havre).
- Impact écotoxicologique de nanoparticules sur Chlorella vulgaris dans l’eau de Seine (Univ. Paris Diderot-CNRS, Paris).
- Etude des interactions entre l'huître creuse, Crassostrea gigas et le virus OsHV-1 (Ostreid herpesvirus 1) au travers de la caractérisation du polymorphisme viral (IFREMER, La Tremblade).
- Impact des nématodes bactérivores sur les biofilms des sédiments marins) (MNHN-CNRS, Paris).
- État des principaux plans d'eau du bassin Seine-Normandie, inventaires des pressions sur leur bassin versant et première ébauche de programmes de mesures (Agence de l’Eau Seine Normandie, Paris).
- Importance des rejets des collectivités dans le déclassement des rivières par le paramètre nitrites (Agence de l’Eau Seine Normandie, Paris).
- Evaluation de l’impact écotoxicologique des antibiotiques sur les sols agricoles (INRA, Versailles).
- Caractérisation de la réponse de biofilms d'eau douce à une pression chimique (contaminants urbains) par des approches protéomiques (IRSTEA, Anthony).
- Etude du stress oxydatif et de la génotoxicité de nanoparticules de CdS et ZnO après contact avec la microalgue Chlorella vulgaris dans l’Eau de Seine (Univ. Paris Diderot-CNRS, Paris).
- Démarche pour la mise en place d'un moyen de lutte contre les proliférations algales (Véolia Environnement, Paris).
- Etude de la génotoxicité des micro-polluants biodisponibles en milieu aquatique urbain par des tests de génotoxicité (IRSTEA, Anthony).

Fabien Joux - 03/03/16