Propositions de stages M2 MES 2024-2025

Titre	Laboratoire	Responsable	Lien
Étude de la diversité microbienne impliquée dans le cycle du fer au niveau des cheminées hydrothermales marines profondes : approches en bioréacteur	Laboratoire BEEP (UMR 6197) – IUEM, Plouzané, France	Maxime Fuster	1
Influence des contraintes environnementales sur les patrons de diversité microbienne des sources hydrothermales terrestres et marines peu profondes des îles Kerguelen et Saint-Paul	Laboratoire BEEP (Biologie et Ecologie des Ecosystèmes marins Profonds), EMR BIOMEX CNRS, Brest	Karine Alain, Mélanie Le Moigne	2
Diversification of a pathogen population during plant host infection	I2BC, Gif-sur-Yvette	Denis Faure	3
The role of the outer membrane of Caballeronia insecticola in the resistance to antimicrobial peptides and the colonization of plant roots and insect guts	Plant-Bacteria Interactions team, Institute of Integrative Biology of the Cell (I2BC) Université Paris-Saclay, CEA, CNRS	Peter Mergaert	4
Comprendre l'organisation intracellulaire des multiples copies du génome chez l'archée Haloferax volcanii	Laboratoire d’Optique et Biosciences, Ecole polytechnique, Palaiseau	Roxane Lestini	5
Caractérisation en single cell de l’expression de gènes chez la bactérie diazotrophe marine Vibrio diazotrophicus	US2B – UMR6286, Nantes Université	François Delavat	6
Adaptations physiologiques de souches clonales de Limnospira (Cyanobacteria) isolées de stromatolithes et de la colonne d’eau du lac Dziani (Mayotte)	Muséum national d'Histoire naturelle, Unité de recherche Molécules de Communication et Adaptation des Microorganismes	Cécile Bernard, Sébastien Halary, Benjamin Marie	7
Étude de la diversité fonctionnelle de tapis microbiens riches en oxydes de fer situés sur un site hydrothermal marin profond de faible activité	Laboratoire BEEP (UMR 6197), IUEM, Plouzané	Ludivine Michaudet, Sophie Mieszkin	8
Impact écotoxicologique de PFAS sur les communautés microbiennes des sols en présence de plantes	LIEC UMR7360 Site Aiguillettes, Faculté des Sciences et Technologies, Vandoeuvre-les-Nancy	Aurélie Cébron	9
Conséquences de l’histoire évolutive du blé sur la capacité d’interaction avec les champignons rhizophériques (phytopathogènes et phytobénéfiques) dans du sol résistant aux maladies	Equipe Rhizosphère, UMR 5557 Ecologie Microbienne, Université Lyon 1, 69622 Villeurbanne	Muller Daniel, Moënne-Loccoz Yvan	10
Analyse de données RNA-Seq du blé pour comprendre le fonctionnement des interactions microbiote-blé	Equipe Rhizosphère, UMR 5557 Ecologie Microbienne, Université Lyon 1, 69622 Villeurbanne	Muller Daniel, Moënne-Loccoz Yvan	11
Etude de la dynamique de sous-populations bactériennes lors d'une infection	UMR1319 Micalis. Equipe Génétique Microbienne en Environnement, Jouy-en-Josas	Leyla Slamti	12
Réévaluation de l’activité de trois associations sulfamide/triméthoprime sur des bactéries pathogènes d’intérêt vétérinaire	ANSES, Laboratoire de Fougères, Unité EMAD, Fougères (35133)	Alexis VIEL	13
Engineering cyanobacteria for better CO2 capture and utilization	Biologie et Biotechnolgie des cyanobactéries à I2BC, CEA, CEA, Gif sur Yvettte	Franck Chauvat, Soufian Ouchane	14
Screening the impact of flagellin antigen from various commensals on the immune system in-vitro	Systems Ecology, Luxembourg Center for System Biomedicine (LCSB), Luxembourg	Rémy Villette	15
Unrevealing the impact of environmental changes on freshwater phytoplankton	Netherlands Institute of Ecology (NIOO-KNAW), Droevendaalsesteeg 10, 6708 PB Wageningen.	Arnaud Louchart	16
Contributions à une étude des effets de biomolécules antifongiques et microorganismes antagonistes sur la composition d’une communauté synthétique constitués de 7 espèces toxinogènes de Fusarium spp	INRAE, UR1264 MycSA (Mycologie et Sécurité des Aliments), 33882 Villenave d’Ornon	Jean-Michel SAVOIE	17
Persistance de différentes souches cliniques de norovirus dans l’eau de mer naturelle	Ifremer, Laboratoire Santé Environnement Microbiologie, Unité MASAE, Nantes	Marion Desdouits	18
Analyse d’échantillons d’huîtres impliquées dans des épidémies de gastro-entérite virale : quantification et diversité des norovirus	Ifremer, Laboratoire Santé Environnement Microbiologie, Unité MASAE, Nantes	Le Guyader Soizick, Joanna Ollivier	19
Microbial diversity along the glacier-to-ocean aquatic continuum on Kerguelen Island (Southern Ocean)	Laboratoire d’Océanographie Microbienne (LOMIC), Banyuls/mer	Ingrid Obernosterer	20
Influences des plantes et de la nature des sources de matière organique sur la complexité des communautés microbiennes de technosols construits	BRGM – Géomicrobiologie et monitoring de l’environnement. Orléans (45) UMR CITERES – INSA Centre Val de Loire, Blois (41) SETEC Energie et Environnement –	Nicolas Legay, Jennifer Harris, Thomas Pommier	21
Isolement de souches bactériennes marines capables de dégrader le polluant dichlorométhane et caractérisation de leur niche écologique	Université Strasbourg. Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie . Institut de physiologie et de chimie biologique (IPCB)	Emilie MULLER	22
Effets potentiels de deux perturbateurs endocriniens sur le développement et le microbiote des premiers stades de vie de la truite arc-en-ciel	UMR EPOC, Campus de Pessac, station marine d’Arcachon. Equipe Écotoxicologie Aquatique	Laure Bellec, Jérôme Cachot	23
STAGE POURVU Etude in situ des pompes d’efflux responsable de la résistance aux anBbioBques chez Escherichia coli et Pseudomonas aeruginosa	Institut de Biologie Physico-Chimique	Dhenesh Puvanendran	24
STAGE POURVU Impact d’une ingestion alimentaire chronique d’insecticides à base de Bacillus thuringiensis sur le développement de maladies intestinales	Institut Sophia Agrobiotech, Sophia Antipolis	Raphaël ROUSSET	25
Effets de mélanges de substances pharmaceutiques sur des communautés microbiennes périphytiques naturelles : Etude en microcosmes	Unité INRAE RiverLy, Villeurbanne (69)	Stéphane Pesce, Cécile Miège	26
Effets de substances pharmaceutiques sur la structure et la diversité de communautés microbiennes benthiques	Unité CARRTEL, Bourget-du-Lac (73).	Emilie Lyautey, Stéphane Pesce	27
Dynamique des interactions bactéries – virus dans les sols: Régulation par la teneur en eau des sols	UMR ECOBIO – CNRS Université de Rennes	Cécile Monard, Virginie Daburon	28
Rôle du volatilome de Legionella pneumophila au cours de son cycle infectieux	Laboratoire Ecologie et Biologie des Interactions UMR CNRS 7267 Equipe Microorganismes-Hôtes-Environnements, Poitiers	Julien Verdon	29
STAGE POURVU Elucidating the path of organic matter degradation in polar sandy surface sediments by metagenomic and metatranscriptomics	Institut Max-Planck de Microbiologie Marine, Bremen, Allemagne	Katrin Knittel	30
STAGE POURVU Exploring virus communi9es in New Zealand’s unique flora and fauna	Dept of Microbiology & Immunology University of Otago, Nouvelle Zélande	Jemma L. Geoghegan	31
Caractérisation métabolique de souches bactériennes isolées pour leur capacité à tolérer ou biodégrader les hydrocarbures et d’un consortium utilisé en bioaugmentation	LIEC UMR7360, Faculté des Sciences et Technologies, Vandoeuvre-les-Nancy	Aurélie CEBRON	32
Métagénomique vs inférence fonctionnelle : robustesse et fiabilité des données prédites au regard des données « shotgun »	UMR 1347 Agroécologie, Dijon	TERRAT Sébastien, JARRIGE Domitille	33
Résistome de milieux aquatiques urbains contrastés	Institut d’Écologie et des sciences de l’environnement de Paris	Dominique Lamy, Julie Leloup	34
Analyse de la diversité taxonomique et fonctionnelle de microbiotes naturels destinés à la lixiviation biologique des métaux dans les déchets	UMR CNRS 5240 Microbiologie Adaptation Pathogénie	Bruno Sialve, Mylène Hugoni	35
Déterminants génétiques de l’adaptation des Woesearchaeota à l’hypersalinité et à leur expression	UMR CNRS 5240 Microbiologie Adaptation Pathogénie	Mylène Hugoni, Céline Brochier-Armanet	36
Characterization of the mechanisms underlying beneficial properties of Halomonas LTB66, a bacteria isolated from the natural microbiota of oysters	Laboratoire des Interactions Hôtes Pathogènes Environnements (IHPE), UMR5244, Equipe TReV « Transmission, Résistance et Virulence », Perpignan	Cosseau Céline	37
Ingénierie écologique de consortiums bactériens multi-dégradants	Equipe EMFEED, UMR Agroécologie, INRAe, Dijon	Amélie Polrot, Aymé Spor	38
Développement des méthodes -omiques pour évaluer l’impact de l’Éco- Exposome Portuaire sur les juvéniles de poissons (DEEPomics)	Centre de Formation et de Recherche sur les Environnements Méditerranéens, UPVD, Perpignan	Carmen Palacios de la Cruz, Isabelle Bonnard, Marie-Virginie Salvia	39
Développement d’une méthode de recherche d’une potentielle résistance bactérienne acquise à la monochloramine	EDF - R&D - Laboratoire National d’Hydraulique et Environnement Groupe Chimie Microbiologie Eau et Environnement, Chatou	Marine Binet	40
STAGE POURVU Perturbations du microbiote induites par l’infection SARS-CoV-2 chez le nouveau-né	CEA, Département IDMIT, Laboratoire Immunité et Transmission, Fontenay-aux-Roses	Elisabeth Menu	41
Caractérisation des communautés microbiennes dégradant le glyphosate et un de ses produits de transformation, l'AMPA	UMR 1347 Agroécologie, INRAE,17 rue Sully 21065 Dijon	Sana Romdhane, Aymé Spor	42
Paysage adaptatif de Salmonella Typhi et études d'association à l'échelle du génome liées à l’épidémicité des souches	ISYEB, équipe PHYLOPATH, MNHN, Paris	Thierry WIRTH	43
Résistomes des biofilms d’écosystèmes côtiers : une approche métagénomique	MAPIEM, Université de Toulon	Elisa Catao	44
Etude d’un cas de communication bactérienne inter-genre : vers la compréhension du dialogue moléculaire entre les bactéries du sol Streptomyces ambofaciens et Pseudomonas fluorescens	Unité Dynamique des génomes et Adaptation Microbienne (DynAMic), Université de Lorraine, INRAE	Bertrand AIGLE	45
Signatures géochimiques et microbiennes du biofiltre à méthane dans les sédiments de la Mer Noire	Ifremer Centre Bretagne au Technopôle Brest Iroise, Plouzané	Antoine Crémière, Laurent Toffin	46
Contraintes isotopiques sur les effets de la température et de la pression sur la croissance des méthanogènes et la production de CH4.	Ifremer Centre Bretagne au Technopôle Brest Iroise, Plouzané	Thomas Giunta, Erwan Roussel	47
Suivi du potentiel de Minéralisation d’HerbIcides dans un sol Agricole exposé aux Microplastiques	UMR 1347 Agroécologie, INRAE, Dijon	Clémence Thiour Mauprivez, Aymé Spor	48
Risques chimico-biologiques associés aux stations d’épuration	ENGEES, 1 cour de Cigarières, Strasbourg	Aude Zingraff-Hamed	49
Ex-situ investigation of the microbial methane and sulfur cycles dynamics towards oxidative changes in an emerged cold seep (Lagoon Pingo, Svalbard)	Arctic University of Norway (UiT, Tromsø, Norway)	Dimitri Kalenitchenko, Lisa-Marie Delpech	50
STAGE POURVU Evaluation d’un nouveau préleveur d’acides nucléiques environnementaux pour la biosurveillance d’espèces pathogènes et invasives et le monitoring de la biodiversité en milieux aqua&ques	LECOB, Observatoire Océanologique de Banyuls sur mer	Julia Baudart, Carmem Manes	51
Efficacité, stabilité et impact écologique de l’inoculation de consortia microbiens multidégradants dans des sols et sédiments contaminés par des pesticides et antibiotiques	UMR1347 Agroécologie – Dijon	Sylvia Thieffry Stéphane Pesce Aymé Spor	52
Behavior of a Fusarium spp. synthetic community under abiotic and biotic perturbations	MycSA Mycologie et Sécurité des Aliments, INRAE Bordeaux Nouvelle Aquitaine, Villenave d’ornon	Marie Foulongne-Oriol	53
Approches de biostatistique pour caractériser l’hétérogénéité spatiale du méta-métabolome du périphyton	Ecosystèmes aquatiques et changements globaux » (EABX) et unité mixte de recherche « Biologie du Fruit et Pathologie » (BFP), INRAE, Centre Nouvelle-Aquitaine - Bordeaux, Cestat	Nicolas Creusot, Sébastien Boutry, Sylvain Prigent	54

07/10/24

Traductions :